Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003132

染色体: Chr03 坐标: 48498819-48502797 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003132
名称SmilChr03G003132
描述protein SPIRAL1-like 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48498819 - 48502797 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016281
GeneID131016281
locus_tag-
NCBI NameLOC131016281
原始查询LOC131016281

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SPIRAL1-like 1
产物protein SPIRAL1-like 1
ArabidopsisAT1G26355 (SP1L1)
SPIRAL1-like1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240366]
identity=71.9; qcov=0.991; evalue=1.17e-50; confidence=medium
RiceOs03g0417800
-
identity=75; qcov=0.522; evalue=2.28e-25; confidence=medium
GOGO:0010005 (cortical microtubule, transverse to long axis); GO:0043622 (cortical microtubule organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016281

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800914.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057800914.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800914.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057800914.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800914.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:48499197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B138,B63,C32,C73
Chr3:48499827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B129,C5
Chr3:48499937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944932.1
GGCCTTCTACCAAAAGCATCAGTCACGCTTCTTCCTCACTTTGAAATCCCTAAATCCCTAACCCTTCTCAAAAGCAACAGTCGCGCCGCCCACAACCCTCCTCCGCCACCATCTCCGCCGGAAATCAGTCTCCTGCAGACCGCCGCAATCTCCGCCCTTGCTGTGAATTCGCCGCTGCCGCCGTACCTAAATCCCTAAATCCCTAACAATCGCGCCGCCCACCACCCTTCTCCGCCGGAAATCAGTCTCCTGCAGACCGC...
XM_057944931.1
AGTGAAAATCGTGAGTGGATGTATCGGCGTTTTCTACCTGATGGAGCTTTGAATCCCGATTTTCAAAGAGGTCTTCAAGGTTTTATTGATTACGCTAACAGTAGACGAGATTTAATGGATGGTGAAAAAATTAGGTGTCCGTGTAGGAAATGCGATAATATACGTTTCCATATAAAAACAATGTTCACTATCACATTGCAAAGAACGGATTTGTGCGGGATTACCATATTTGGAGGTTTCATGGTGAAATTGAAATGCCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016281
ATGGGTCGTGGAGTTAGCAGCGGTGGAGGGCAGAGTTCATTGGGTTACTTGTTTGGTAGCAGTGAGGCTCCAAAACCAGCAGTGGGGAAAGCACAAGCTGCACCGAGTGAGAGTAGTGTTGCTAGTAAAGAACCTTCGCCAAAGCCTAATTCCGCTCCTAAGCCAGTAGACGTTAGCAAGCAGATTCCTGCAGGGATTCATAGTAGCACCACCAACAACTACGTCAGAGCAGATGGTCAGAGTACTTGCAATTTTATCAC...
LOC131016281
ATGGGTCGTGGAGTTAGCAGCGGTGGAGGGCAGAGTTCATTGGGTTACTTGTTTGGTAGCAGTGAGGCTCCAAAACCAGCAGTGGGGAAAGCACAAGCTGCACCGAGTGAGAGTAGTGTTGCTAGTAAAGAACCTTCGCCAAAGCCTAATTCCGCTCCTAAGCCAGTAGACGTTAGCAAGCAGATTCCTGCAGGGATTCATAGTAGCACCACCAACAACTACGTCAGAGCAGATGGTCAGAGTACTTGCAATTTTATCAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800914.1
MGRGVSSGGGQSSLGYLFGSSEAPKPAVGKAQAAPSESSVASKEPSPKPNSAPKPVDVSKQIPAGIHSSTTNNYVRADGQSTCNFITDRPSTKVHAAPGGGSSLGYLFGGGSSSN
XP_057800915.1
MGRGVSSGGGQSSLGYLFGSSEAPKPAVGKAQAAPSESSVASKEPSPKPNSAPKPVDVSKQIPAGIHSSTTNNYVRADGQSTCNFITDRPSTKVHAAPGGGSSLGYLFGGGSSSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器