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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003144

染色体: Chr03 坐标: 48735363-48740848 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003144
名称SmilChr03G003144
描述serine/threonine-protein kinase Nek6
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48735363 - 48740848 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016295
GeneID131016295
locus_tag-
NCBI NameLOC131016295
原始查询LOC131016295

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase Nek6
产物serine/threonine-protein kinase Nek6
ArabidopsisAT3G20860 (NEK5)
Serine/Threonine kinase catalytic domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821634]
identity=64.7; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0590800 (OsNek6)
-
identity=65.8; qcov=0.808; evalue=1.24e-159; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016295

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800940.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057800940.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800941.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057800941.1
5 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057800940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:48735593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr3:48735677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,C73,C81,D2
Chr3:48735722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,C73,C81,D2
Chr3:48735764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,C73,C81,D2
Chr3:48735822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B27,B47,B55,C43
Chr3:48735831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C41
Chr3:48736301 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr3:48736301 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B7
Chr3:48736320 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C41
Chr3:48736324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C41
Chr3:48736742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,D10
Chr3:48738450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800940.1
407 aa
N
1
204
407
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-258 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-255 aa
XP_057800941.1
406 aa
N
1
203
406
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
XP_057800943.1
406 aa
N
1
203
406
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800940.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 258 4.7e-66 223.6 Protein kinase domain
XP_057800940.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 255 5.8e-39 134.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057800941.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 1.5e-66 225.2 Protein kinase domain
XP_057800941.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 4.6e-39 135.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057800943.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 1.5e-66 225.2 Protein kinase domain
XP_057800943.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 4.6e-39 135.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944960.1
ATCATAGCAGGAGCCCAAAAGAATTAAATGGATCTCGCTCCATTTTAAGTTTCGAAGAGAAGGAAAGAAACCGACACACACCTACCAGAAACACACTTGTAATTATACCCCTCCCTCTAGTTTTTGAAAATACAAGCAAAGTTTTACCTATTTTATTTAAATTTGAGGCATCACATCTGTCACATTCTCCTTTTCTTTTTTTATCCCTTGCATAGTACTTTGCTTTTGCCTCAAATCTTCCCTCCCTTGCCAATTAAAAA...
XM_057944958.1
CAAAGTTTTACCTATTTTATTTAAATTTGAGGCATCACATCTGTCACATTCTCCTTTTCTTTTTTTATCCCTTGCATAGTACTTTGCTTTTGCCTCAAATCTTCCCTCCCTTGCCAATTAAAAATTTTACGTCAATTTGAATATACAAACAGTAGCAGTGATCCACACGCAGCTTCAAAAATATGTGGTAATTTAGTGGTTGATGGAGAAAGGCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAATGGAGGATTACCAAGTGGTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016295
ATGGAGGATTACCAAGTGGTGGAGCAGATCGGTAGAGGAGCTTCGGGGGCTGCATTTCTTGTTCATCACAAAGTTGAAAAGAAGAGGTATGTTCTAAAGAAGATTAGGCTGGCAAAGCAAACTGAGAAATTCAAGCAGACTGCGCATCAGGAGATGGCATTGATGGCAAAACTAAACAATCCGTATATCATCGGATACAAGGATTCGTGGGTGGAGAAGGATTCATTTGTGTGCATCGTAACAACTTACTGTGAAGGTGG...
LOC131016295
ATGGAGGATTACCAAGTGGTGGAGCAGATCGGTAGAGGAGCTTCGGGGGCTGCATTTCTTGTTCATCACAAAGTTGAAAAGAAGAGGTATGTTCTAAAGAAGATTAGGCTGGCAAAGCAAACTGAGAAATTCAAGCAGACTGCGCATCAGGAGATGGCATTGATGGCAAAACTAAACAATCCGTATATCATCGGATACAAGGATTCGTGGGTGGAGAAGGATTCATTTGTGTGCATCGTAACAACTTACTGTGAAGGTGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800940.1
MEDYQVVEQIGRGASGAAFLVHHKVEKKRYVLKKIRLAKQTEKFKQTAHQEMALMAKLNNPYIIGYKDSWVEKQDSFVCIVTTYCEGGDMSGIIKKARGVYFSEEKICRWLTQLLLALDYLHSNRVLHRDLKCSNIFLTRDGQIRVGDFGLAKLLLKEDLASSIVGTPNYMCPEILADIPYGYKSDIWSLGCCMFEIAAHLPPFRAADMASLVNKINRSTISPLPTLYSSSLKRLIRSMLRRSPEHRPTAAELLRHPHLQ...
XP_057800941.1
MEDYQVVEQIGRGASGAAFLVHHKVEKKRYVLKKIRLAKQTEKFKQTAHQEMALMAKLNNPYIIGYKDSWVEKDSFVCIVTTYCEGGDMSGIIKKARGVYFSEEKICRWLTQLLLALDYLHSNRVLHRDLKCSNIFLTRDGQIRVGDFGLAKLLLKEDLASSIVGTPNYMCPEILADIPYGYKSDIWSLGCCMFEIAAHLPPFRAADMASLVNKINRSTISPLPTLYSSSLKRLIRSMLRRSPEHRPTAAELLRHPHLQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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