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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003177

染色体: Chr03 坐标: 49233306-49238855 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003177
名称SmilChr03G003177
描述serine/threonine-protein kinase Nek2
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向49233306 - 49238855 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016313
GeneID131016313
locus_tag-
NCBI NameLOC131016313
原始查询LOC131016313

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase Nek2
产物serine/threonine-protein kinase Nek2
ArabidopsisAT3G04810 (NEK2)
NIMA-related kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819641]
identity=60; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0604700 (OsNek2)
-
identity=62.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057800974.1
2 Spindle Spindle 0.80000 XP_057800974.1
3 Spindle pole Spindle pole 0.80000 XP_057800974.1
4 Midbody Midbody 0.60000 XP_057800974.1
5 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057800974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49235040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:49236181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B53
Chr3:49236203 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C70
Chr3:49236203 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 C70
Chr3:49237778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,B35
Chr3:49237939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr3:49238170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:49238197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:49238221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr3:49238242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:49238245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr3:49238252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800974.1
603 aa
N
1
302
603
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
XP_057800975.1
603 aa
N
1
302
603
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
XP_057800976.1
603 aa
N
1
302
603
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
XP_057800977.1
603 aa
N
1
302
603
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-257 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 6-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800974.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 6.5e-63 213.3 Protein kinase domain
XP_057800974.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 3.2e-36 125.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057800975.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 6.5e-63 213.3 Protein kinase domain
XP_057800975.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 3.2e-36 125.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057800976.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 6.5e-63 213.3 Protein kinase domain
XP_057800976.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 3.2e-36 125.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057800977.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 257 6.5e-63 213.3 Protein kinase domain
XP_057800977.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 6 254 3.2e-36 125.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944991.1
AGAATGATTCGCTGAAATCAGAGTGGCCCACCACTACACCACTCTTCTCCTCTCTCCAAATACTAGCATAGGTCTCCTGTCCTTTTCCAAGAATCTCAAGAACACACATATTTTACCATTTCTTGCTGTTTGTTTGACTCTCCATACACGGACCCACACAAACACACTGTATCACTCACGAGGTGTGAGTGAGTGTTCATCCATAAACTGTGATTCAATTTACAAGGTCGCATTGATGCTCGAGTATCAGATAGTATACG...
XM_057944994.1
ATTTTACCATTTCTTGCTGTTTGTTTGACTCTCCATACACGGACCCACACAAACACACTGTATCACTCACGAGGTGTGAGTGAGTGTTCATCCATAAACTGTGATTCAATTTACAAGGTCGCATTGATGCTCGAGTATCAGATAGTATACGACTTCGCATACACACAGTACACACACTGAATCTCTGACAAATCTTTACCTTTCTTCTTCTGCATAAAGAAGAAGTGGGTAGCATTTCCTTTTCTTTCTTTCTAGATTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016313
ATGGAGAACTATGATATACTGGAGCAGATTGGTAAAGGGTCCTTTGGCTCCGCGCTGCTTGTTAGGCATAGACAAGAGAAGAAGAAGTATGTTCTGAAAAAAATCCGCCTCGCTCGACAGACTGATCGGACCCGCAGATCTGCTCACCAGGAGATGGAGCTCATTTCCAAAGTCAAGAATCCATATATTGTGGAGTACAAAGATTCCTGGGTGGAAAGGGGCTGTTATGTGTGCATCGTGATTGGTTACTGCGAGGGAGG...
LOC131016313
ATGGAGAACTATGATATACTGGAGCAGATTGGTAAAGGGTCCTTTGGCTCCGCGCTGCTTGTTAGGCATAGACAAGAGAAGAAGAAGTATGTTCTGAAAAAAATCCGCCTCGCTCGACAGACTGATCGGACCCGCAGATCTGCTCACCAGGAGATGGAGCTCATTTCCAAAGTCAAGAATCCATATATTGTGGAGTACAAAGATTCCTGGGTGGAAAGGGGCTGTTATGTGTGCATCGTGATTGGTTACTGCGAGGGAGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057800974.1
MENYDILEQIGKGSFGSALLVRHRQEKKKYVLKKIRLARQTDRTRRSAHQEMELISKVKNPYIVEYKDSWVERGCYVCIVIGYCEGGDVAEAIKKRNGIHFAEEKLCKWLVQLLLALDYLHLNHILHRDVKCSNIFLTKDQDIRLGDFGLAKVLISEDLASSVVGTPSYMCPELLADIPYGSKSDIWSLGCCLYEMAAHRPAFKAFDIQSLIHKINKSIVSPLPTMYTGPFRGLIKSMLRKNPELRPSAADLLRHPHLRP...
XP_057800975.1
MENYDILEQIGKGSFGSALLVRHRQEKKKYVLKKIRLARQTDRTRRSAHQEMELISKVKNPYIVEYKDSWVERGCYVCIVIGYCEGGDVAEAIKKRNGIHFAEEKLCKWLVQLLLALDYLHLNHILHRDVKCSNIFLTKDQDIRLGDFGLAKVLISEDLASSVVGTPSYMCPELLADIPYGSKSDIWSLGCCLYEMAAHRPAFKAFDIQSLIHKINKSIVSPLPTMYTGPFRGLIKSMLRKNPELRPSAADLLRHPHLRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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