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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003162

染色体: Chr03 坐标: 48994259-48998522 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003162
名称SmilChr03G003162
描述type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48994259 - 48998522 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016315
GeneID131016315
locus_tag-
NCBI NameLOC131016315
原始查询LOC131016315

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 4-like
产物type I inositol polyphosphate 5-phosphatase 4-like
ArabidopsisAT3G63240 (AT3G63240)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825499]
identity=69; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0160600
-
identity=68.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004439 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0004445 (inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity); GO:0034485 (phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity); GO:0046856 (phosphatidylinositol dephosphorylation)
KEGG-
PfamPF22669 (Exo_endo_phos2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016315

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800978.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057800978.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057800978.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800978.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800978.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:48995098 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B100
Chr3:48995098 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B100
Chr3:48995109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr3:48995115 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B100
Chr3:48995115 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B100
Chr3:48995197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr3:48995393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,C14,C29,D2
Chr3:48995960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:48996086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:48996137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B9
Chr3:48996277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:48996793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800978.1
563 aa
N
1
282
563
Exo_endo_phos2
Exo_endo_phos2
C
PF22669 Exo_endo_phos2 98-162 aa PF22669 Exo_endo_phos2 289-520 aa
XP_057800979.1
563 aa
N
1
282
563
Exo_endo_phos2
Exo_endo_phos2
C
PF22669 Exo_endo_phos2 98-162 aa PF22669 Exo_endo_phos2 289-520 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800978.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 98 162 2.9e-72 244.3 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2
XP_057800978.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 289 520 2.9e-72 244.3 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2
XP_057800979.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 98 162 2.9e-72 244.3 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2
XP_057800979.1 Pfam PF22669 Exo_endo_phos2 Domain 289 520 2.9e-72 244.3 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944996.1
GCCCCTCGTTTGCAAGGCCTAGAGAAATACACACACTGTGTGTATATATATGTGTGTGTGTTTTTAAAAATATTTTTTTGGGTTCTCCTTTTTCTCCCATCTCTGCACTTTATTCTCTTCAAAATTCGATACTTAGCTCTGTACTCACAACGAGGTTTTTGAGGAGAGAAACCATACAATACAACCTCCCATTCTCTCACCCCTTCAACCAACAAACTTCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC...
XM_057944995.1
GCCCCTCGTTTGCAAGGCCTAGAGAAATACACACACTGTGTGTATATATATGTGTGTGTGTTTTTAAAAATATTTTTTTGGGTTCTCCTTTTTCTCCCATCTCTGCACTTTATTCTCTTCAAAATTCGATACTTAGCTCTGTACTCACAACGAGGTTTTTGAGGAGAGAAACCATACAATACAACCTCCCATTCTCTCACCCCTTCAACCAACAAACTTCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016315
ATGAGAGATGGGAACTCGAAGAAAAGCAAGTTTTCATGGCCGAAGACATTAGTGAAGAAATGGCTCAACATCAAAGGCAAAACTGAGGATTTTCACGCCGATGACATCATTTCTGGAGGTGTTGATGAAGAATGGAGGAACAATTTCAGAGAGAGGGAGGAGGCATGCACTATCAAGAAAAGCAAAACAGAGAGATCAGCTAGACGAACCTCAGATCGTCTCCGGAGAAGTAAGATTGATCTTGAGGCCTCCCAGCTCAC...
LOC131016315
ATGAGAGATGGGAACTCGAAGAAAAGCAAGTTTTCATGGCCGAAGACATTAGTGAAGAAATGGCTCAACATCAAAGGCAAAACTGAGGATTTTCACGCCGATGACATCATTTCTGGAGGTGTTGATGAAGAATGGAGGAACAATTTCAGAGAGAGGGAGGAGGCATGCACTATCAAGAAAAGCAAAACAGAGAGATCAGCTAGACGAACCTCAGATCGTCTCCGGAGAAGTAAGATTGATCTTGAGGCCTCCCAGCTCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057800978.1
MRDGNSKKSKFSWPKTLVKKWLNIKGKTEDFHADDIISGGVDEEWRNNFREREEACTIKKSKTERSARRTSDRLRRSKIDLEASQLTDVNNYRIFVATWNVAGKSPPTYLNLEEWLHTSPPADVYVLGFQEIVPLNAGNVLGTEDNGPARKWLALIRETLNSLPGSSGNCRTPSPVPDPIVELEDDFEGSNREKASSFFHRRSFQSLSRSMRVMEDDSSMSQPRLDRRYSVCDRAIYGHSRPSDYSYDPNGRGDCSSDDD...
XP_057800979.1
MRDGNSKKSKFSWPKTLVKKWLNIKGKTEDFHADDIISGGVDEEWRNNFREREEACTIKKSKTERSARRTSDRLRRSKIDLEASQLTDVNNYRIFVATWNVAGKSPPTYLNLEEWLHTSPPADVYVLGFQEIVPLNAGNVLGTEDNGPARKWLALIRETLNSLPGSSGNCRTPSPVPDPIVELEDDFEGSNREKASSFFHRRSFQSLSRSMRVMEDDSSMSQPRLDRRYSVCDRAIYGHSRPSDYSYDPNGRGDCSSDDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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