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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003155

染色体: Chr03 坐标: 48912586-49521892 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003155
名称SmilChr03G003155
描述uncharacterized SmilChr03G003155
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向48912586 - 49521892 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016333
GeneID131016333
locus_tag-
NCBI NameLOC131016333
原始查询LOC131016333

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825514]; symbol=AT3G63390; hit=AT3G63390; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825514]; symbol=AT3G63390; hit=AT3G63390; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G63390 (AT3G63390)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825514]
identity=51.5; qcov=0.611; evalue=1.17e-32; confidence=medium
RiceOs11g0616200
-
identity=41.7; qcov=0.944; evalue=8.27e-31; confidence=medium
GOGO:0009536 (plastid)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016333

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057801006.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057801006.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057801006.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801006.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801006.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:49520741 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 17 A1,B103,B106,B107,B108,B132,B3,B47,B57,B64,B74,C15,C20,C24,C56,C7,C79
Chr3:49521204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,B76
Chr3:49521298 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B29
Chr3:49521298 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B29
Chr3:49521338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr3:49521364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B49,B6,B79,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945025.1
ACGGCAACAATATACAGGATTCACAGGAAAAAAGCTACAATCGCCGATCCTTCGCCATTAGCAAGCGTTTATCAATCAATTTCACGTTGAATTCGCCATCGCTAACCTTCAACATCTCCGGCAGTGACATTGCAATGTTGTGCTCCATGAATAGCTGATGCTGCGGTCTGATACTCTCCAAACTGAAGGAGAAATACTGCGGAAATCTCTTAAATCTCCTCCAAATCCCCATATTCCTACCTCAACATACTCGATCCCTA...
XM_057945023.1
ACGGCAACAATATACAGGATTCACAGGAAAAAAGCTACAATCGCCGATCCTTCGCCATTAGCAAGCGTTTATCAATCAATTTCACGTTGAATTCGCCATCGCTAACCTTCAACATCTCCGGCAGTGACATTGCAATGTTGTGCTCCATGAATAGCTGATGCTGCGGTCTGATACTCTCCAAACTGAAGGAGAAATACTGCGGAAATCTCTTAAATCTCCTCCAAATCCCCATATTCCTACCTCAACATACTCGATCCCTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016333
ATGGACGGCGGCGCGCCTCAGCCACTCGAATACTCCGCCGCCTCAACCCTAATCCCCTTCCCCCGCCCGCTCCCTCTCTTGCGCGGACCAATCAAAGCCGGTCCACTAGACGATCCCTCCTCCGGTCCATACCTCCTCGCCTTCAAAAACCGCCGCGCCTGGGCCGCTGCCTACCGAAACTGCCGGGCTCAAATTATCGCGCAATGCGAATTGGGGGCGCGGGTCGGGTGCTCCATTTCCGCTTCTAGCAAATGCAAACC...
LOC131016333
ATGGACGGCGGCGCGCCTCAGCCACTCGAATACTCCGCCGCCTCAACCCTAATCCCCTTCCCCCGCCCGCTCCCTCTCTTGCGCGGACCAATCAAAGCCGGTCCACTAGACGATCCCTCCTCCGGTCCATACCTCCTCGCCTTCAAAAACCGCCGCGCCTGGGCCGCTGCCTACCGAAACTGCCGGGCTCAAATTATCGCGCAATGCGAATTGGGGGCGCGGGTCGGGTGCTCCATTTCCGCTTCTAGCAAATGCAAACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801006.1
MDGGAPQPLEYSAASTLIPFPRPLPLLRGPIKAGPLDDPSSGPYLLAFKNRRAWAAAYRNCRAQIIAQCELGARVGCSISASSKCKPPWWKVILGVYSKQDFREREKCEEIEMEACFAAAKERCSGFAKQRCEPAFRNARIGASGFESSVVDWKDVSRLISTVCFANEKSYGVGFWGVDKSWGEFRQKYEVTSLRGKDLLGSDYLDIEEYLRKILV
XP_057801008.1
MDGGAPQPLEYSAASTLIPFPRPLPLLRGPIKAGPLDDPSSGPYLLAFKNRRAWAAAYRNCRAQIIAQCELGARVGCSISASSKCKPPWWKVILGVYSKQDFREREKCEEIEMEACFAAAKERCSGFAKQRCEPAFRNARIGASGFESSVVDWKDVSRLISTVCFANEKSYGVGFWGVDKSWGEFRQKYEVTSLRGKDLLGSDYLDIEEYLRKILV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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