Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002166`

染色体: Chr03 坐标: 33695972-33701975 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002166`
名称	SmilChr03G002166
描述	uncharacterized SmilChr03G002166
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	33695972 - 33701975 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016399`
GeneID	`131016399`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016399`
原始查询	`LOC131016399`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0827300; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os02g0827300; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G21660` (AT4G21660) proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253] identity=78.3; qcov=0.802; evalue=1.67e-43; confidence=medium
Rice	`Os02g0827300` - identity=96; qcov=0.62; evalue=1.78e-44; confidence=medium
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005634 (nucleus); GO:0005684 (U2-type spliceosomal complex); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0005689 (U12-type spliceosomal complex); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	-
Pfam	PF04037 (DUF382)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057801081.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.40000	`XP_057801081.1`
3	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057801081.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057801081.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801081.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:33696510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B140
`Chr3:33696525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B34,C36
`Chr3:33696551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,D10,D11
`Chr3:33696573`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,A9,B135
`Chr3:33696575`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,B97
`Chr3:33696587`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B127,C26,C6,C63,C79,D7
`Chr3:33696765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C58
`Chr3:33696765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr3:33696781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr3:33696798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A22,A25,A4,A5,B104,B112,B26,B27,B31,B47,B57,B60,B69,B87,B93,B94,B99,C1,C14,C19,C44,C46,C54,C60,C63,C67,C83,D11
`Chr3:33696805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B95,C14,C17
`Chr3:33696840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801081.1

121 aa

121

DUF382

PF04037 DUF382 23-97 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801081.1`	Pfam	`PF04037`	DUF382	Family	23	97	1.3e-32	113.3	Domain of unknown function (DUF382)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009098976.1
TACATAACGGTTTTTTTTAAAAACCGTTATGTATGAGCGCATTTTCTAGAAAAGACAACGGTTTTGAAGAAATCCGTTATCTATGTAGTGTTATCCATAACAATAGATAACAGTATGATGTAATCCGTTATCTTTTAGCGTTATCTATTAGTTACATACATAACGGTTTGATAAACCGTTACGTCAACCGTTATCTATTAACACTTTTTTACAACAGTTTTTTTACCGTTAAGAAATGCATTATATAACTGTTATGTATT...

XR_009098977.1
CGGTTTTTTTTAAAAACCGTTATGTATGAGCGCATTTTCTAGAAAAGACAACGGTTTTGAAGAAATCCGTTATCTATGTAGTGTTATCCATAACAATAGATAACAGTATGATGTAATCCGTTATCTTTTAGCGTTATCTATTAGTTACATACATAACGGTTTGATAAACCGTTACGTCAACCGTTATCTATTAACACTTTTTTACAACAGTTTTTTTACCGTTAAGAAATGCATTATATAACTGTTATGTATTAACATTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016399
ATGAATACTAGATTATGTTTTAAAATTACATGCTTGTCACACATCTCAACTTCTTTGATGGCTGCTTTTCAGGGAAAGAGAGGTATTGAAAAGCAGCCTTTTCAACTTCCTGATTTCATTGCTGCCACAGGAATCGAGAAAATCAGACAAGCTTACATTGAAAAGGAGGATAGTAAGAAGTTGAAACAAAAGCAACGTGAGAGAATGCAGCCTAAAATGGGAAAGATGGACATTGATTATCAGGTTCTTCATGATGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801081.1
MNTRLCFKITCLSHISTSLMAAFQGKRGIEKQPFQLPDFIAATGIEKIRQAYIEKEDSKKLKQKQRERMQPKMGKMDIDYQVLHDAFFKHQTKPKLILLKPLMLLIFESSRGRNLIGLSTK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器