Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002204`

染色体: Chr03 坐标: 34689106-34692549 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002204`
名称	SmilChr03G002204
描述	uncharacterized SmilChr03G002204
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	34689106 - 34692549 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016430`
GeneID	`131016430`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016430`
原始查询	`LOC131016430`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Sel1 repeat protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818426]; symbol=AT2G38450; hit=AT2G38450; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Sel1 repeat protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818426]; symbol=AT2G38450; hit=AT2G38450; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G38450` (AT2G38450) Sel1 repeat protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818426] identity=72.4; qcov=0.654; evalue=1.61e-43; confidence=medium
Rice	`Os05g0342900` - identity=67.7; qcov=0.722; evalue=3.49e-41; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801105.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057801105.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057801105.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801105.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801105.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:34689237`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B97
`Chr3:34689237`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B97
`Chr3:34689250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B2
`Chr3:34689269`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	22	B10,B111,B120,B133,B139,B26,B28,B3,B30,B47,B48,B53,B66,C22,C32,C38,C41,C56,C68,C76,D2,D3
`Chr3:34689299`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B63,B81
`Chr3:34689299`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B63,B81
`Chr3:34689314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B31,B52,C25
`Chr3:34689415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009098993.1
AGCAAGATGTTTTTGGGAGCTAACCAAAATGTGGAGAGGAAGAAAAATATTTGGGAGTAGTAAATTGGTGCTATTTTGTTTGTTCCTCCAGTCCACTACATGGGAAAATCATCTCCGCAGTTGAGCGGAAGGCGGCGGGAGCTAAAGGGCGAAACCTCCGACGACTCCAAGGGTAAGAAACCGGAAATGGAGCCTGAACGCGGCGGCCAGGTGCCGGAGCAACGAAGGCTGCCGCTATCGGAGGTGGTTGACGACTGCAT...

XM_057945122.1
GTTAATAAAATTATTTTTGAAATAAGTTAGCAAGATGTTTTTGGGAGCTAACCAAAATGTGGAGAGGAAGAAAAATATTTGGGAGTAGTAAATTGGTGCTATTTTGTTTGTTCCTCCAGTCCACTACATGGGAAAATCATCTCCGCAGTTGAGCGGAAGGCGGCGGGAGCTAAAGGGCGAAACCTCCGACGACTCCAAGGGTAAGAAACCGGAAATGGAGCCTGAACGCGGCGGCCAGGTGCCGGAGCAACGAAGGCTGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131016430
ATGGGAAAATCATCTCCGCAGTTGAGCGGAAGGCGGCGGGAGCTAAAGGGCGAAACCTCCGACGACTCCAAGGGTAAGAAACCGGAAATGGAGCCTGAACGCGGCGGCCAGGTGCCGGAGCAACGAAGGCTGCCGCTATCGGAGGTGGTTGACGACTGCATACACCGCTGGTTCCAAGACACGCTCAAGGAGGCCAAAACTGGCGATATCAACATGCAGGTGCTCGTCGGCCAGATGTATTATTACGGCTATGGCATCGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057801105.1
MGKSSPQLSGRRRELKGETSDDSKGKKPEMEPERGGQVPEQRRLPLSEVVDDCIHRWFQDTLKEAKTGDINMQVLVGQMYYYGYGIAKDANKGRIWISRASRVRASVWKVSNKRPGYNASDSDSDSDELVGNS

XP_057801106.1
MGKSSPQLSGRRRELKGETSDDSKGKKPEMEPERGGQVPEQRRLPLSEVVDDCIHRWFQDTLKEAKTGDINMQVLVGQMYYYGYGIAKDANKGRIWISRASRVRASVWKVSNKRPGYNASDSDSDSDELVGNS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器