当前解析结果
SmilChr01G000464| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000464 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000464 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000464 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 9525225 - 9527003 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016432 |
|---|---|
| GeneID | 131016432 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016432 |
| 原始查询 | LOC131016432 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0458700; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os10g0458700; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | ATMG00750- identity=34.7; qcov=0.134; evalue=3.74e-06; confidence=weak |
| Rice | Os10g0458700- identity=32.2; qcov=0.167; evalue=1.44e-07; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF13456 (RVT_3); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016432 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057801138.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057801138.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801138.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801138.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801138.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:9525235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 38 | A3,B101,B102,B108,B112,B113,B123,B140,B22,B26,B38,B39,B4,B41,B42,B49,B51,B53,B56,B58,B59,B62,B7,B72,B83,B95,B96,C23,C29,C36,C38,C59,C63,C65,C67,C77,C79,D7 |
Chr1:9525242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B51,C15 |
Chr1:9525257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr1:9525258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B11,B16,C62 |
Chr1:9525270 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:9525273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:9525274 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,D1 |
Chr1:9525278 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B81,C84,D6 |
Chr1:9525281 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C84,D6 |
Chr1:9525291 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B99,C43 |
Chr1:9525303 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B22,B23,B51,C15 |
Chr1:9525308 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C68,C84,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801138.1PF00075
RNase_H 43-155 aa
PF13456
RVT_3 47-163 aa
PF17921
Integrase_H2C2 255-303 aa
PF31073
DUF8803 488-538 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801138.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 43 | 155 | 4.2e-06 | 27.7 | RNase H |
XP_057801138.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 47 | 163 | 4e-16 | 59.8 | Reverse transcriptase-like |
XP_057801138.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 255 | 303 | 4.4e-10 | 40.3 | Integrase zinc binding domain |
XP_057801138.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 488 | 538 | 4.8e-15 | 55.9 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。