Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002218

染色体: Chr03 坐标: 34946748-34953843 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002218
名称SmilChr03G002218
描述uncharacterized SmilChr03G002218
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向34946748 - 34953843 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016442
GeneID131016442
locus_tag-
NCBI NameLOC131016442
原始查询LOC131016442

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述influenza virus NS1A-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830423]; symbol=AT5G01660; hit=AT5G01660; species=arabidopsis; confidence=high
产物influenza virus NS1A-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830423]; symbol=AT5G01660; hit=AT5G01660; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G01660 (AT5G01660)
influenza virus NS1A-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830423]
identity=46.2; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0165200 (P0701D05.9-1)
-
identity=39.9; qcov=1.05; evalue=2.54e-150; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0034976 (response to endoplasmic reticulum stress)
KEGG-
PfamPF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2); PF10539 (Dev_Cell_Death)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016442

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801116.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801116.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801116.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801116.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801116.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:34949401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr3:34949475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr3:34949572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B117,B136,B52,C54
Chr3:34949573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:34949839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,B47,C33
Chr3:34951987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr3:34952202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B68,C58,C62
Chr3:34952402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B66,D2
Chr3:34953317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C62
Chr3:34953376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C62
Chr3:34953389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,B99,C26
Chr3:34953497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B66,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801116.1
660 aa
N
1
330
660
Dev_Cell_Death
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
C
PF10539 Dev_Cell_Death 34-162 aa PF01344 Kelch_1 416-456 aa PF01344 Kelch_1 465-503 aa PF01344 Kelch_1 508-550 aa PF07646 Kelch_2 509-550 aa PF01344 Kelch_1 557-598 aa
XP_057801117.1
660 aa
N
1
330
660
Dev_Cell_Death
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_1
C
PF10539 Dev_Cell_Death 34-162 aa PF01344 Kelch_1 416-456 aa PF01344 Kelch_1 465-503 aa PF01344 Kelch_1 508-550 aa PF07646 Kelch_2 509-550 aa PF01344 Kelch_1 557-598 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801116.1 Pfam PF10539 Dev_Cell_Death Domain 34 162 1.3e-48 164.6 Development and cell death domain
XP_057801116.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 416 456 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801116.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 465 503 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801116.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 508 550 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801116.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 509 550 3.1e-20 71.7 Kelch motif
XP_057801116.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 557 598 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801117.1 Pfam PF10539 Dev_Cell_Death Domain 34 162 1.3e-48 164.6 Development and cell death domain
XP_057801117.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 416 456 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801117.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 465 503 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801117.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 508 550 4.4e-54 180.3 Kelch motif
XP_057801117.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 509 550 3.1e-20 71.7 Kelch motif
XP_057801117.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 557 598 4.4e-54 180.3 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945134.1
GAGTCATCCGATTTCAAAATCATAACGTTGCAATTACATATCATTGATCGTAAATTTCTCTCTGAAAAACCTTTTTACTAGAAAAAGGGACAAGCCCACATTAAATTAAATAACTAAACACACGCAAACACTCCATTTCGCGCTACTCTCTTTAACTCCTAGCGTTTGGGCGCTACACTTCACAGTATCTTCATTCGAAGGTGGAGTTTTGATATTCATCATAGTGCTTTCATAAGATTGCCTTAGCTGAATGGCAGCCG...
XM_057945133.1
GTTTTTTTCCGATTTTTTTTTCTTTTTTTTCGTATCGCTATATTTATTTTGAAGCCTGATTCTGTTATGCTGCTTTGTCATCGTTTGTGAAAGTAATGGTGTTCGAAACTCGGGATGAGTGGAGTTTTGATATTCATCATAGTGCTTTCATAAGATTGCCTTAGCTGAATGGCAGCCGGGAGGAACAGACAGCCTTTTTTATCTAAAAAGAGTTACCCAATGGCATCTAATGAGACATGGGCAAGAAACTTGAGCAAGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016442
ATGGCAGCCGGGAGGAACAGACAGCCTTTTTTATCTAAAAAGAGTTACCCAATGGCATCTAATGAGACATGGGCAAGAAACTTGAGCAAGAACCAGCTTGGAGGTGTCATATTCGGGTGCACAAAACAAACTATGGAAGAATGTCATGCCAAACAACTCTTTGGCCTGCCAGCAGCACATTTTTCATATGTAAAGAACATTGATCCAGGTTTACCCCTGTTTCTATTCAACTACAATGAAAAAAAACTTTATGGTATATA...
LOC131016442
ATGGCAGCCGGGAGGAACAGACAGCCTTTTTTATCTAAAAAGAGTTACCCAATGGCATCTAATGAGACATGGGCAAGAAACTTGAGCAAGAACCAGCTTGGAGGTGTCATATTCGGGTGCACAAAACAAACTATGGAAGAATGTCATGCCAAACAACTCTTTGGCCTGCCAGCAGCACATTTTTCATATGTAAAGAACATTGATCCAGGTTTACCCCTGTTTCTATTCAACTACAATGAAAAAAAACTTTATGGTATATA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801116.1
MAAGRNRQPFLSKKSYPMASNETWARNLSKNQLGGVIFGCTKQTMEECHAKQLFGLPAAHFSYVKNIDPGLPLFLFNYNEKKLYGIYEAASSGKMNIDPYAWTIDGSDKTRYPAQVQIRLRLQCLALNENQFKLSIIDNYYGQSHFRFELDHAQTSRLMSQFSSLAVAPSISIRKNPPIWTAKQRFPLTNKINESGAFEPPALTDNFSNYDDSISTSTTTDNSLSLNGNNQLMEVTNQMEQFDENDLIYMKLKELTLGNK...
XP_057801117.1
MAAGRNRQPFLSKKSYPMASNETWARNLSKNQLGGVIFGCTKQTMEECHAKQLFGLPAAHFSYVKNIDPGLPLFLFNYNEKKLYGIYEAASSGKMNIDPYAWTIDGSDKTRYPAQVQIRLRLQCLALNENQFKLSIIDNYYGQSHFRFELDHAQTSRLMSQFSSLAVAPSISIRKNPPIWTAKQRFPLTNKINESGAFEPPALTDNFSNYDDSISTSTTTDNSLSLNGNNQLMEVTNQMEQFDENDLIYMKLKELTLGNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器