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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002264

染色体: Chr03 坐标: 35641720-35644842 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002264
名称SmilChr03G002264
描述BAG family molecular chaperone regulator 4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35641720 - 35644842 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016484
GeneID131016484
locus_tag-
NCBI NameLOC131016484
原始查询LOC131016484

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BAG family molecular chaperone regulator 4-like
产物BAG family molecular chaperone regulator 4-like
ArabidopsisAT3G51780 (BAG4)
BCL-2-associated athano 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824341]
identity=40.7; qcov=0.499; evalue=3.22e-42; confidence=medium
RiceOs01g0831200 (OsBAG4)
-
identity=45.5; qcov=0.556; evalue=1.31e-47; confidence=medium
GOGO:0000774 (adenyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0050821 (protein stabilization); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00240 (ubiquitin); PF02179 (BAG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016484

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801171.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057801171.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801171.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801171.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801171.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35642026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B42,B43,B90,B92
Chr3:35642039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr3:35642043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B127,C13
Chr3:35642065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B127,C13
Chr3:35642068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B47,B77,B99,C26,C33
Chr3:35642247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr3:35642386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr3:35642388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B88,B90
Chr3:35642486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B53,C73
Chr3:35642494 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D9
Chr3:35642494 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D9
Chr3:35643016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B51,B59,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801171.1
399 aa
N
1
200
399
ubiquitin
BAG
C
PF00240 ubiquitin 33-99 aa PF02179 BAG 124-199 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801171.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 33 99 5.4e-07 30.0 Ubiquitin family
XP_057801171.1 Pfam PF02179 BAG Family 124 199 2.1e-18 67.3 BAG domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945188.1
CTCTCTCACCTTTCGTTGTTAATTTGTAGCGTTTTTACGAAGGTAGTTCTATTTATCGCGCAAGCAAGTGCCCCTCCCAAAAACTCGATATCTTTTATCGCGCAAGCAATTTGTCGCCAAATTCTCTGCTGATTTCGCCGATGAAGAGTTTGAATCCAAGCCCGGAAAGCTGCAGGAGGAGTGGAGTAATCGGGCTGGGTTTGATCCCGGGCCACGGGCCCGCTGTTACCAGCATAAAGGTTTCTCATGGGCACAACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016484
ATGAAGAGTTTGAATCCAAGCCCGGAAAGCTGCAGGAGGAGTGGAGTAATCGGGCTGGGTTTGATCCCGGGCCACGGGCCCGCTGTTACCAGCATAAAGGTTTCTCATGGGCACAACCAATATGAAGTTTCCGTGCCGTCTAACTCCAGTTTTGGTTATCTCAAATGTGTTATTTGTCAAAACCTTGGTTTGAAACCCGAGACAAGCAAACTCTTTTTCGAAGGTATAGAAAAACAAGACGGAGAAAGTCTTCAACAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801171.1
MKSLNPSPESCRRSGVIGLGLIPGHGPAVTSIKVSHGHNQYEVSVPSNSSFGYLKCVICQNLGLKPETSKLFFEGIEKQDGESLQQAGLKDNSELLLVESVCEQPVPEEVQETSATSKGEDAVAEARKEINNLEQQVSALQAVIDSGKKVDDKEIMYLTEMLMRQLLKLDGIDAEGEGKVQRKTEVRRVQNIVETLDALKSRNSNSSNHTQKNVSASTEWRAFDASPSSAPPVVPSTSSSPTPSSSSAPPIVPSSSPTPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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