Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002291`

染色体: Chr03 坐标: 36099850-36106636 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002291`
名称	SmilChr03G002291
描述	alpha-L-arabinofuranosidase 1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	36099850 - 36106636 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016504`
GeneID	`131016504`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016504`
原始查询	`LOC131016504`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha-L-arabinofuranosidase 1-like
产物	alpha-L-arabinofuranosidase 1-like
Arabidopsis	`AT3G10740` (ASD1) alpha-L-arabinofuranosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820243] identity=56.6; qcov=0.697; evalue=1.79e-29; confidence=medium
Rice	`Os12g0128800` - identity=51.7; qcov=0.613; evalue=8.65e-27; confidence=medium
GO	GO:0046556 (alpha-L-arabinofuranosidase activity)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016504

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057801189.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801194.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057801194.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057801196.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801189.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:36100238`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	79	A10,A11,A15,A23,A25,A7,B103,B108,B112,B12,B126,B127,B13,B132,B134,B136,B137,B15,B16,B18,B21,B24,B25,B26,B28,B3,B35,B36,B38,B39,B4,B44,B47,B48,B5,B51,B56,B59,B62,B64,B69,B7,B70,B72,B74,B8,B81,B88,B89,B91,B96,B99,C11,C14,C17,C20,C23,C26,C28,C34,C41,C46,C47,C48,C59,C62,C64,C67,C69,C74,C75,C76,C77,C87,D1,D10,D11,D3,D7
`Chr3:36100255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr3:36100256`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr3:36100260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	104	A10,A11,A15,A21,A23,A25,A4,A6,A7,A8,B101,B103,B105,B106,B108,B112,B114,B12,B125,B126,B127,B13,B132,B134,B135,B136,B137,B15,B16,B18,B20,B21,B24,B25,B26,B28,B3,B35,B36,B38,B39,B4,B44,B46,B47,B48,B5,B53,B55,B56,B59,B62,B64,B66,B69,B7,B70,B72,B74,B79,B8,B81,B83,B88,B9,B91,B96,B99,C11,C14,C20,C23,C26,C27,C28,C34,C41,C42,C44,C46,C47,C48,C54,C56,C58,C59,C62,C63,C64,C65,C67,C69,C72,C75,C76,C77,C81,C83,C85,D1,D10,D11,D3,D7
`Chr3:36100271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B136,B52,C54
`Chr3:36100295`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B77,B98,C3
`Chr3:36100399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	69	A1,A11,A14,A15,A19,A20,A23,A24,B1,B100,B101,B102,B111,B129,B13,B130,B135,B137,B139,B140,B16,B17,B2,B22,B23,B26,B28,B29,B3,B31,B33,B40,B41,B44,B46,B49,B62,B68,B69,B70,B73,B75,B76,B80,B96,B97,B99,C1,C25,C28,C30,C32,C33,C37,C38,C39,C45,C5,C68,C71,C73,C75,C76,C77,C78,C85,C86,D3,D9
`Chr3:36100402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	146	A10,A11,A13,A21,A24,A3,A5,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B106,B108,B11,B110,B113,B115,B118,B121,B123,B124,B126,B127,B128,B131,B132,B134,B135,B140,B18,B20,B22,B23,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B54,B56,B57,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B71,B72,B73,B76,B78,B79,B8,B81,B85,B86,B87,B89,B9,B91,B93,B94,B98,B99,C1,C11,C13,C15,C19,C2,C21,C22,C23,C26,C29,C30,C31,C33,C35,C36,C37,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C48,C49,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C6,C60,C61,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C74,C75,C80,C81,C82,C83,C84,C87,C9,D11,D4,D5,D6,D7,D9
`Chr3:36100408`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B40,C2
`Chr3:36100408`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B40,C2
`Chr3:36100627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr3:36100648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

19 records

下载 cDNA FASTA

XR_009099037.1
CCTAACCCAAAAACAGAGGCCCATTTAAATGCGGACAAGGCTATATACAACACAAACCCTAAGGTTTGTTTCCATCGCCACTCCCATAGCTACCGATTTCTACCTTGCGTTCAAAGAGGCGATTCGTTCGCTAGAGTTTCTCCTTCAACCATGAGAGCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGCGCCGAAAGATGAGACAGAGATCCAAGTAGTCTACCCAATTCTCGGCGCGTCGTTTCTAGGG...

XR_009099036.1
CCTAACCCAAAAACAGAGGCCCATTTAAATGCGGACAAGGCTATATACAACACAAACCCTAAGGTTTGTTTCCATCGCCACTCCCATAGCTACCGATTTCTACCTTGCGTTCAAAGAGGCGATTCGTTCGCTAGAGTTTCTCCTTCAACCATGAGAGCTAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGCGCCGAAAGATGAGACAGAGATCCAAGTAGTCTACCCAATTCTCGGCGCGTCGTTTCTAGGG...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA

LOC131016504
ATGCTCCAGAAGGTACTATCTCCGACAGCACTACAGAGCTACAGTTCAGTCCAAGGGAAAGCAAACATCAGGTTAACCAGGACCATGGACTTTATAGTATGTATTAGTAAGGTGTTGTCGTTAGCTGTTATCAGAGCTATTCTCTCCCAATTTTATCCTGAAAATTACTGTAGCCCCTGGCCGATTGGCTCAAAGCAGCAGAAGCTAGCCACATCTGTATCATTCATTGGCTCAAAGCAGCAGAAGCTAGCCACATCTGA...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA

XP_057801189.1
MLQKVLSPTALQSYSSVQGKANIRLTRTMDFIVCISKVLSLAVIRAILSQFYPENYCSPWPIGSKQQKLATSVSFIGSKQQKLATSDIKDDDVAKWKKVEMVLEAYGSDANSILQLTTSKRSTIWLDQVSALPLDTHNGHGFRQDLFDMLAALKPGFIRFPGGSFVEETD

XP_057801190.1
MLQKVLSPTALQSYSSVQGKANIRLTRTMDFIVCISKVLSLAVIRAILSQFYPENYCSPWPIGSKQQKLATSVSFIGSKQQKLATSDIKDDDVAKWKKVEMVLEAYGSDANSILQLTTSKRSTIWLDQVSALPLDTHNGHGFRQDLFDMLAALKPGFIRFPGGSFVEETD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器