Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002335`

染色体: Chr03 坐标: 36833359-36834167 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002335`
名称	SmilChr03G002335
描述	basic leucine zipper 43-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	36833359 - 36834167 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016551`
GeneID	`131016551`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016551`
原始查询	`LOC131016551`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	basic leucine zipper 43-like
产物	basic leucine zipper 43-like
Arabidopsis	`AT3G30530` (bZIP42) basic leucine-zipper 42 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822767] identity=54.9; qcov=0.793; evalue=4.94e-44; confidence=medium
Rice	`Os02g0728001` (OsbZIP22) - identity=40.9; qcov=0.824; evalue=7.38e-29; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801256.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801256.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801256.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801256.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057801256.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:36833470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C6,C83,C84
`Chr3:36833794`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B118
`Chr3:36833794`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B118
`Chr3:36833973`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801256.1

193 aa

193

bZIP_2

bZIP_1

PF07716 bZIP_2 77-126 aa PF00170 bZIP_1 79-132 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801256.1`	Pfam	`PF07716`	bZIP_2	Coiled-coil	77	126	7.4e-07	29.8	Basic region leucine zipper
`XP_057801256.1`	Pfam	`PF00170`	bZIP_1	Coiled-coil	79	132	1.1e-10	42.1	bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945273.1
ATTAATTCCATCCACAACTCCACACCACAAGCCTTTCTCACCCTTCACTATAAATATCCCATTCACTCTTCATGCAACTGTCTCTCTACGTCCTCACCCTTATCCATTCCACACTACTACCCCTAAACAACCATGATTCAATCAAACTCCCAACAAACTAACTACTTTGCCTCTTCCAATCCTTCCAACTTCCCGACCAACTTTAGTTTGACGCGTACCAACTCACCAGCACTCGAGCTCAGCAGATTGCTAGCCGACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016551
ATGATTCAATCAAACTCCCAACAAACTAACTACTTTGCCTCTTCCAATCCTTCCAACTTCCCGACCAACTTTAGTTTGACGCGTACCAACTCACCAGCACTCGAGCTCAGCAGATTGCTAGCCGACTTCCCAAATAATCATCAGCTTCAAGAGTTCACCCCATACTCTTCATGCATCAGCAACAACTCAACCTCTGACGAGGCCGAGGAGCACCAGCTGAGCATCCATGACGAGAGGAAGCAGAGGAGGATGATATCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801256.1
MIQSNSQQTNYFASSNPSNFPTNFSLTRTNSPALELSRLLADFPNNHQLQEFTPYSSCISNNSTSDEAEEHQLSIHDERKQRRMISNRESARRSRMRKQRHLDELWSQVLRLRSDNHNLIEKMNEMSESHDRVVQENARLKEEAANLQRKLMDVQVSNSYSIFSDLDELSCNSAHLQAESSNQSLTPSTDLLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器