Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002371`

染色体: Chr03 坐标: 37334565-37336887 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002371`
名称	SmilChr03G002371
描述	uncharacterized SmilChr03G002371
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	37334565 - 37336887 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016578`
GeneID	`131016578`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016578`
原始查询	`LOC131016578`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Carbohydrate-binding-like fold [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831794]; symbol=AT5G01260; hit=AT5G01260; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Carbohydrate-binding-like fold [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831794]; symbol=AT5G01260; hit=AT5G01260; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G01260` (AT5G01260) Carbohydrate-binding-like fold [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831794] identity=30.7; qcov=0.976; evalue=3.12e-47; confidence=low
Rice	`Os05g0446900` - identity=52.2; qcov=0.247; evalue=3.2e-36; confidence=weak
GO	GO:0016020 (membrane); GO:2001070 (starch binding)
KEGG	-
Pfam	PF00686 (CBM_20)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016578

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057801271.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057801271.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801271.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801271.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801271.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:37334744`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B117,C1,D1,D7
`Chr3:37334855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr3:37334856`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B121,B130,B36,B95
`Chr3:37334878`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B54,B86
`Chr3:37335028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:37335044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,C1,D1,D7
`Chr3:37335054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,C1,D1,D7
`Chr3:37335069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,C1,D1
`Chr3:37335071`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B119,B127,B34
`Chr3:37335091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B69,B82,B91,C1
`Chr3:37335122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B117,D1,D7
`Chr3:37335233`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B119,B127,B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801271.1

457 aa

228

457

CBM_20

PF00686 CBM_20 70-158 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801271.1`	Pfam	`PF00686`	CBM_20	Family	70	158	8e-20	71.1	Starch binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945288.1
TCCACTCAACGCCAGCCACCAATTTCCAAATTAAACCAGTAATCGAACTTGAAACAAAATATGAATCACACACACGCTTACAAACACACACTAGCCCCCTTCTATGCTTAACGTTGCAACATTTGTTTACCTGATACCACTTCATCAATTTGAGAGATGAAGGCCTTGGGGGCCTCGCATTTCAACTTCTTTGTGAGCAGGCAGAGAGAGAGCTCACATGAATTTCGTTTTCTGCTACATCAAAAGCGTGTAGCGTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016578
ATGAAGGCCTTGGGGGCCTCGCATTTCAACTTCTTTGTGAGCAGGCAGAGAGAGAGCTCACATGAATTTCGTTTTCTGCTACATCAAAAGCGTGTAGCGTATGGGGTTGTCTTGTTCAGGGCAAACCTTGCCATTTCTTCAGCCTCCTCTTCTCAGAAAAATCTGGGAAATAAAGCAATCCAGACAGTGAGCTTGGACCAGCCTAAAACTGTTCGAGTGAGGTTCAAATTGCACAAGCAATGCGCGTTCGGGCAGCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801271.1
MKALGASHFNFFVSRQRESSHEFRFLLHQKRVAYGVVLFRANLAISSASSSQKNLGNKAIQTVSLDQPKTVRVRFKLHKQCAFGQQFLVVGDDPNLGLWDPSSGVPLNWSEGHVWTAEVDVPCSKVVSYKFILEEIDGTISWQPGPDRFLETWDTAKTISVSEDWDSPDFQNVVEEETIVVDDLNESTFIAANWDQTSDVGEEEVDANVSSLLIAEDLNRGVVEEGNNVMKEELDVNECTSGHSDEPSMLMVAENITEEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器