当前解析结果
SmilChr03G002423| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002423 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002423 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G002423 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 38481865 - 38483587 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016609 |
|---|---|
| GeneID | 131016609 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016609 |
| 原始查询 | LOC131016609 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PAR1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824571]; symbol=AT3G54040; hit=AT3G54040; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | PAR1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824571]; symbol=AT3G54040; hit=AT3G54040; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G54040 (AT3G54040)PAR1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824571] identity=49.4; qcov=0.961; evalue=1.27e-52; confidence=high |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06521 (PAR1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016609 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057801298.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057801298.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057801298.1 |
| 4 | Spore | Spore | 0.20000 | XP_057801298.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801298.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:38482000 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B50 |
Chr3:38482143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,B74,C37,C82 |
Chr3:38482211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B20 |
Chr3:38482274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B50 |
Chr3:38482301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B88,D3 |
Chr3:38482472 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B23,B68 |
Chr3:38483203 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801298.1PF06521
PAR1 28-180 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801298.1 |
Pfam | PF06521 |
PAR1 | Family | 28 | 180 | 2.6e-62 | 209.8 | PAR1 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。