Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001268`

染色体: Chr01 坐标: 25355931-25363173 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001268`
名称	SmilChr01G001268
描述	protein CLT1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	25355931 - 25363173 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016614`
GeneID	`131016614`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016614`
原始查询	`LOC131016614`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CLT1, chloroplastic
产物	protein CLT1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G12170` (CLT3) CRT (chloroquine-resistance transporter)-like transporter 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831090] identity=63.8; qcov=1; evalue=3.12e-114; confidence=high
Rice	`Os01g0955700` (OsCLT1) - identity=72.8; qcov=0.993; evalue=3.8e-119; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF08627 (CRT-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016614

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057801307.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057801307.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057801315.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057801315.1`
5	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057801315.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:25356152`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr1:25356293`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B13,B138,B33,C44
`Chr1:25356341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:25356352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:25356409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B72,D10
`Chr1:25358431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:25359990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B43,C55
`Chr1:25360006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B43,C55
`Chr1:25360006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B43,C55
`Chr1:25360026`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B43,C55
`Chr1:25362682`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801307.1

439 aa

220

439

CRT-like

PF08627 CRT-like 101-423 aa

XP_057801315.1

278 aa

139

278

CRT-like

PF08627 CRT-like 3-262 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801307.1`	Pfam	`PF08627`	CRT-like	Family	101	423	1.5e-41	143.3	CRT-like, chloroquine-resistance transporter-like
`XP_057801315.1`	Pfam	`PF08627`	CRT-like	Family	3	262	4.3e-26	92.4	CRT-like, chloroquine-resistance transporter-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945324.1
GTTTTGGAAGGAGGGCAGTTTTAAACATTCCCACTAAAATTATCCCTGAAAGAAAATCCAAAATGCGGAAGTGACGTTCACAGTCACGTATCAAAAATCAAATTTGTCTTCTCTCTCTTTCCTCTATAAATAAAATAGGCACACAGATCTTGGCTAATCATTTCACTCTACATACCCAAAATATGTCAGCATGTTGCCGCCGTCTGACCTCCCCTGCCGCCGCCGTGGTTCACCACATTCCACTGCGGACTTCTTCGTCG...

XM_057945332.1
TATAATTTTGATTTGTGGTATACAATTAAGGCCTTTTCGCTTTAGCAAAGGCTAAGTCTGGTTTTCGTGCACTTTTATTTGAAAAGGATACGAGAGTTTGCCTATATGAGGATGGTGCTGAATAGGGGTCCCCTTTGAAGCAGGACCGTTGGTGGTATGTAATTGTATATTTCTCTATCTTGTATCTCCGGTATCAAGCTGGCAAGGTTACCGATGAAATGCTATCATTGCCGAAATTACCATTAATTGCTATTGGCCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016614
ATGTCAGCATGTTGCCGCCGTCTGACCTCCCCTGCCGCCGCCGTGGTTCACCACATTCCACTGCGGACTTCTTCGTCGTCGTCGTCCACCAACTGCTTACAAGTTAATCATCGTAAATCCTGGCGTAGGAGAGACGCAGTTGAGGTGGTGCTGCGGTCAAGACGGCTGCTGATCGAAGCGGCAGCGGCGGGAGGGCGGGAAGAGGATGTACTGAAGAAGAAGGGGAAGCCGCCACCGCGGTGCTGCTCACTCGATCGAGA...

LOC131016614
ATGCTATCATTGCCGAAATTACCATTAATTGCTATTGGCCTGTTAGAGGCTCTAGCAGCAGCATCTGGGATGGCATCAGGAGCTGTTCTTCCAGGGGCAGCGATTCCCATACTTTCTCAGAGTTTTCTTGTCTGGCAACTTGGTCTGTCGTATATATTTCTCAAAAGGAAATATAGATTCAATCAGTTGTTCGGTTGCTTTCTGGTAGCAGCTGGAGTAGTAGTAACTGTTGCAAGTGGATCAGGGCCTGGATCCCTGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057801307.1
MSACCRRLTSPAAAVVHHIPLRTSSSSSSTNCLQVNHRKSWRRRDAVEVVLRSRRLLIEAAAAGGREEDVLKKKGKPPPRCCSLDRDAVVAGGGVDRRTEVVIATVATVVLGVGNRVLYKLALVPLKHYPFFLAQLATFGYVIVYFSILYLRYQAGKVTDEMLSLPKLPLIAIGLLEALAAASGMASGAVLPGAAIPILSQSFLVWQLGLSYIFLKRKYRFNQLFGCFLVAAGVVVTVASGSGPGSLMTTGLFWSILMII...

XP_057801315.1
MLSLPKLPLIAIGLLEALAAASGMASGAVLPGAAIPILSQSFLVWQLGLSYIFLKRKYRFNQLFGCFLVAAGVVVTVASGSGPGSLMTTGLFWSILMIISFFLQAADTVMKEIIFLDAAKRLKGGSMDLFVVNSFGSAYQAVFICLLLPFLSNLWGIPFSQLPSYLKDGAACFLNTGAMLNRCNGAPLLPLLFVIVNMGFNISLLHLLKISSAVVSCLASTVSVPISVYFFTLPLPYLGVASSLPPGFVTGAIVLVAGLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器