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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002499

染色体: Chr03 坐标: 39808289-39810702 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002499
名称SmilChr03G002499
描述uncharacterized SmilChr03G002499
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向39808289 - 39810702 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016666
GeneID131016666
locus_tag-
NCBI NameLOC131016666
原始查询LOC131016666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831784]; symbol=AT5G02230; hit=AT5G02230; species=arabidopsis; confidence=high
产物Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831784]; symbol=AT5G02230; hit=AT5G02230; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G02230 (AT5G02230)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831784]
identity=66.3; qcov=0.885; evalue=1.02e-130; confidence=high
RiceOs03g0273800
-
identity=61.5; qcov=0.888; evalue=1.92e-130; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801353.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057801354.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801353.1
4 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057801353.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801353.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:39808521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C38,C71
Chr3:39808966 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr3:39809005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr3:39809006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:39809123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr3:39809879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C23,C55,D8
Chr3:39810411 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 8 B100,B105,B26,B51,B59,B94,C15,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945370.1
GGTCTATTTAAACTCGTCGTATCCCAACGTTTCTCCTCCCACCTTTCCTCACTCTTCAATTCCCTGCGTAGAGAGAGAGAAACTCATATCTTCGAAATTCTGCTGTCTTCCTCCCCATTTTTCCTCTTTTTCGACCCATTTCCTTTTATTAGGATGGCATACGAGGATGGATACGGGCAGGTTCAGAGGCCTAAATATGATTGTCTTCTATTTGACCTTGATGACACCCTCTACCCTCTAAGCTCTGGCCTAGCAACATC...
XM_057945371.1
ATATGGGTTTATGGAAACATATATGTCACATTTAAATAATATAATATTCTTATATTTGATGGGTTGTAGTTTTCACAATTTTTGTTTCAATAATCACTCTCTAGCTCCAGCATCTCCATATTGGAGCTGCAGGATGGCATACGAGGATGGATACGGGCAGGTTCAGAGGCCTAAATATGATTGTCTTCTATTTGACCTTGATGACACCCTCTACCCTCTAAGCTCTGGCCTAGCAACATCAGTTCTCAAAAACATTCAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016666
ATGGAAACATATATGTCACATTTAAATAATATAATATTCTTATATTTGATGGGTTGTAGTTTTCACAATTTTTGTTTCAATAATCACTCTCTAGCTCCAGCATCTCCATATTGGAGCTGCAGGATGGCATACGAGGATGGATACGGGCAGGTTCAGAGGCCTAAATATGATTGTCTTCTATTTGACCTTGATGACACCCTCTACCCTCTAAGCTCTGGCCTAGCAACATCAGTTCTCAAAAACATTCAAGATTACATGAT...
LOC131016666
ATGGCATACGAGGATGGATACGGGCAGGTTCAGAGGCCTAAATATGATTGTCTTCTATTTGACCTTGATGACACCCTCTACCCTCTAAGCTCTGGCCTAGCAACATCAGTTCTCAAAAACATTCAAGATTACATGATCGAAAATTTGGGCATAGAAGAGAGCAAAATCCCTTCACTATGTGACCTTCTGTACAGAAACTATGGCACAACCATGGCTGGTCTTAGGGCGACTGGCTATGATTTCGACTATGATGAGTATCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801353.1
MAYEDGYGQVQRPKYDCLLFDLDDTLYPLSSGLATSVLKNIQDYMIENLGIEESKIPSLCDLLYRNYGTTMAGLRATGYDFDYDEYHSIVHGRLPYENLKPDPVLRSLLLSLPIPKIIFTNADNIHAVKVLRRLGLEDCFESIICFETLNPVHKSVASDDEDDIAFLGSKPACNASPQSTEIFDIVAHFSKPNAGQSGLPKTPIVCKPSESAIEMALEIAKIDPRRTLFFEDSIRNIQSGKRVGLNTVLIGKSQRVKGAD...
XP_057801354.1
METYMSHLNNIIFLYLMGCSFHNFCFNNHSLAPASPYWSCRMAYEDGYGQVQRPKYDCLLFDLDDTLYPLSSGLATSVLKNIQDYMIENLGIEESKIPSLCDLLYRNYGTTMAGLRATGYDFDYDEYHSIVHGRLPYENLKPDPVLRSLLLSLPIPKIIFTNADNIHAVKVLRRLGLEDCFESIICFETLNPVHKSVASDDEDDIAFLGSKPACNASPQSTEIFDIVAHFSKPNAGQSGLPKTPIVCKPSESAIEMALEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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