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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002536

染色体: Chr03 坐标: 40427741-40428405 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002536
名称SmilChr03G002536
描述uncharacterized SmilChr03G002536
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40427741 - 40428405 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016697
GeneID131016697
locus_tag-
NCBI NameLOC131016697
原始查询LOC131016697

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述forkhead box protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818329]; symbol=AT2G37530; hit=AT2G37530; species=arabidopsis; confidence=medium
产物forkhead box protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818329]; symbol=AT2G37530; hit=AT2G37530; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G37530 (AT2G37530)
forkhead box protein G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818329]
identity=52.4; qcov=0.84; evalue=3.86e-32; confidence=medium
RiceOs12g0566600
-
identity=43; qcov=0.8; evalue=2e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016697

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057801382.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057801382.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057801382.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057801382.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801382.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40427868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C73
Chr3:40428003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A3,B124,B49,B79
Chr3:40428056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr3:40428187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B67,B97,C46
Chr3:40428206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945399.1
TCTATCTTCACTACTCACATAGTCACATCGCCTCCTCCGCCATAAACTACGTAACTCACTACTTCAAATCAAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGAAATGATCTTCAGATTCCTGAATTCCTTACCCGAATCGCTCTCCTCCCCGACGTACCCCCTGATGCTCTACGCCGCAGCTTGGACGGCCATCCTGACGGCCACAGTGGCGGTGGCGTCTTTCACGCCGGAGTGGGCCTTCGTCTCCGCTATCAGTCCGTCATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016697
ATGATCTTCAGATTCCTGAATTCCTTACCCGAATCGCTCTCCTCCCCGACGTACCCCCTGATGCTCTACGCCGCAGCTTGGACGGCCATCCTGACGGCCACAGTGGCGGTGGCGTCTTTCACGCCGGAGTGGGCCTTCGTCTCCGCTATCAGTCCGTCATCGCCGTTATCTCAGGCGTGCCATGGGGCGGGATCCGTCAGGCTGCCGTTGGACATTCCGCCCGAGGACTTCTGCCTCGCCGCGCGCCTCTTCAAGCGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801382.1
MIFRFLNSLPESLSSPTYPLMLYAAAWTAILTATVAVASFTPEWAFVSAISPSSPLSQACHGAGSVRLPLDIPPEDFCLAARLFKRSRIDMLVPPLFAAVIVAGSACAVRALGLWEADDEQPPLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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