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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002549

染色体: Chr03 坐标: 40668849-40670820 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002549
名称SmilChr03G002549
描述uncharacterized SmilChr03G002549
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40668849 - 40670820 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016709
GeneID131016709
locus_tag-
NCBI NameLOC131016709
原始查询LOC131016709

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0283400; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0283400; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G37300 (ABCI16)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818307]
identity=55.1; qcov=0.143; evalue=4.9e-08; confidence=weak
RiceOs03g0283400
-
identity=56.1; qcov=0.24; evalue=4.42e-17; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057801391.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057801391.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057801391.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057801391.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057801391.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40669042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:40669058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,C44,C8,C82
Chr3:40669077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:40669086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C37
Chr3:40669092 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B46,C37
Chr3:40669128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B5,B57
Chr3:40669172 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C83
Chr3:40669172 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C83
Chr3:40669208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B5,B57
Chr3:40669210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C34
Chr3:40669239 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B123,C37
Chr3:40669239 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 2 B123,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945408.1
AAAAGTTGATATTTTTTAAAAATTCTATAAATTCCTCAATATTTTCAACTGTATAACAGTGTAAGCTTTTTTTCTGCCAACAAAACCGGACAAAGCTACTGCGGAGATGGAGATGTTCAAGAACTGAAGTCAAGATGAGGTGGAGGAGGCAATGCAGATAAGTAATGGTGAGAGAAAGATGGAAGGAGAAGATAGTGTGAAAACAGTAGATTGCTTGAGAGGAAGGCTGCTTGCAGAAAGAGCTGCTTCCAAAAATGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016709
ATGCAGATAAGTAATGGTGAGAGAAAGATGGAAGGAGAAGATAGTGTGAAAACAGTAGATTGCTTGAGAGGAAGGCTGCTTGCAGAAAGAGCTGCTTCCAAAAATGCTAAAGCGGAGGCACAACAATTGGAAATTAAGTTGATGGAACTAGAAAAACTGTTGACACAAGAGGCAAAATCAAGAAACAAAGCTGAGAAGAAGCTGAAATTCTTGACGAAGAAGCTTGAATCCATCAACATTTTTCATTTATCAGATGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801391.1
MQISNGERKMEGEDSVKTVDCLRGRLLAERAASKNAKAEAQQLEIKLMELEKLLTQEAKSRNKAEKKLKFLTKKLESINIFHLSDESEYISSISSTITKEEEEEGNRNQQARISEAFENQELKGEAIFQKDLGNLKQIDSSFSLSDDNSSTAEGASTSCAFEVHLPEFKGLECEMRRDKDVKSPRIGKIVEQRNATFEDSLSSASGKSSSNMDQQSDFCWRSIDEGEGEGEGINQRNALFEDSLSSASDQQSGDSISIRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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