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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002564`

染色体: Chr03 坐标: 40836816-40839710 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002564`
名称	SmilChr03G002564
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	40836816 - 40839710 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016723`
GeneID	`131016723`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016723`
原始查询	`LOC131016723`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=34.6; qcov=0.896; evalue=4.45e-61; confidence=low
Rice	`Os08g0106900` - identity=37.8; qcov=0.993; evalue=1.96e-82; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016723

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801411.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057801411.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057801411.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801411.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801411.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:40837592`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr3:40837592`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr3:40837631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B102,B4,C5
`Chr3:40837639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B47,C19,C33,C78,C83
`Chr3:40837685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B47,C19,C33,C78,C83
`Chr3:40837701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr3:40837718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B9,C47,C49,C57
`Chr3:40837773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,C36
`Chr3:40837950`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B47,B93,C19,C33
`Chr3:40837974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:40838037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,C71
`Chr3:40838228`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B48,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801411.1

403 aa

202

403

DUF8040

Plant_tran

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 71-149 aa PF04827 Plant_tran 173-344 aa PF01609 DDE_Tnp_1 174-341 aa PF13359 DDE_Tnp_4 181-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801411.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	71	149	1.4e-21	76.8	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057801411.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	173	344	1.9e-07	31.6	Plant transposon protein
`XP_057801411.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	174	341	3.1e-10	40.9	Transposase DDE domain
`XP_057801411.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	181	342	8.3e-24	84.7	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009099195.1
TAATTTCGATTCTCACATATTTGCCCCTCTTTTCAAATTCCAAATATATTCATTTTCCCATCTGCCGCTCATTTGCAATTGTGAGCAGAAATTTCAAGGGAACAAGGTGCAACGAGTTCGCGCCGCCCCACACCTTCTTCTTCGATCTACAGGGGTGCGCGATTTGCTGGGTCTATAGTCGCCGACTTCAATTGCCGTCGAGCGGTGGTCGGCTGTTGTTCAATTGAATTTTCAACGGACTACTGTTATCTGTTCTGTAT...

XM_057945428.1
TTCCTTGTAATTGGCGTATTAGCTCCTTTAATGGGCTAACTTTTGCGTTTGAACTCCAAGTAAAATAAAGCTGAAAGCCCTTCAAAAACACTAGGCCCGGCCTAAAATGATGGATTTCTCGAGGAAAGCTAACTGAGGCTCCCCCCTGGTTAGCTAATCTAGAAATTTCAAGGGAACAAGGTGCAACGAGTTCGCGCCGCCCCACACCTTCTTCTTCGATCTACAGGGGTGCGCGATTTGCTGGGTCTATAGTCGCCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016723
ATGGATATTATACGGCGTAAGAATGCTTGTGTGTATATGGCCGTAGAGGAAATTTTGCATGATCAGATGATGCAAATTTCGGTCGTTGTCGATGCTGTTGATAGGGCAAGGTCCCAGAAACGTAAGCGTAGAGTTCTAGCTGTGCCGTATGGGATGCTGCATAGAATCCCAGATCAAGTAAAGCACCTTAATCGAATTATAGGTTTTAGCGATGTCGATTGTCTAACAAATTTGAGGATGGACCGAAATACATTCGGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801411.1
MDIIRRKNACVYMAVEEILHDQMMQISVVVDAVDRARSQKRKRRVLAVPYGMLHRIPDQVKHLNRIIGFSDVDCLTNLRMDRNTFGRLCLLLRDLCGLKNGRFVSVEEQVALFLSVLAHHKKNRVVKFDFWRSGQTVSHYIHVVLRAVLRLHGILLVRPTAVQEASTDPRWKWFKGCLGALDGTYINVMVPNIDKPRYRTRKGQISTNTLAVCDKDMKFVYVLPGWEGSAADVRILRDALNRPNGLKVPRGSYYLVDNGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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