Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002566`

染色体: Chr03 坐标: 40851109-40856192 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002566`
名称	SmilChr03G002566
描述	mitotic-spindle organizing protein 1B-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	40851109 - 40856192 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016725`
GeneID	`131016725`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016725`
原始查询	`LOC131016725`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitotic-spindle organizing protein 1B-like
产物	mitotic-spindle organizing protein 1B-like
Arabidopsis	`AT4G09550` (GIP1) AtGCP3 interacting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826539] identity=71.6; qcov=0.971; evalue=3.36e-30; confidence=medium
Rice	`Os03g0435900` - identity=70.6; qcov=0.739; evalue=7.79e-21; confidence=medium
GO	GO:0000931 (gamma-tubulin ring complex); GO:0005813 (centrosome); GO:0005819 (spindle); GO:0031021 (interphase microtubule organizing center); GO:0033566 (gamma-tubulin complex localization); GO:0051415 (microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center); GO:0090307 (mitotic spindle assembly)
KEGG	-
Pfam	PF12554 (MOZART1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016725

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801412.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801413.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057801412.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801413.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801413.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:40851455`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A22,B1,B115,B124,B129,B135,B7,C2,C53,C63,C67
`Chr3:40852619`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	74	A15,A8,A9,B10,B102,B106,B108,B111,B12,B128,B130,B132,B134,B137,B16,B17,B19,B24,B26,B28,B29,B32,B35,B38,B39,B41,B42,B44,B48,B50,B56,B69,B70,B74,B81,B82,B84,B87,B91,B94,B99,C1,C10,C11,C22,C23,C24,C28,C29,C31,C32,C33,C35,C38,C39,C40,C42,C43,C44,C48,C5,C54,C58,C60,C65,C67,C68,C72,C78,C82,C9,D11,D3,D7
`Chr3:40852730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C33,C51
`Chr3:40852737`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A3,B12,B124
`Chr3:40852737`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A3,B12,B124
`Chr3:40852742`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr3:40852748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr3:40852794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr3:40852812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr3:40852825`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B123,B13
`Chr3:40852830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B39,B4,B55
`Chr3:40852830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B39,B4,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801413.1

69 aa

MOZART1

PF12554 MOZART1 11-56 aa

XP_057801414.1

69 aa

MOZART1

PF12554 MOZART1 11-56 aa

XP_057801415.1

69 aa

MOZART1

PF12554 MOZART1 11-56 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801413.1`	Pfam	`PF12554`	MOZART1	Family	11	56	1.2e-21	76.9	Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated
`XP_057801414.1`	Pfam	`PF12554`	MOZART1	Family	11	56	1.2e-21	76.9	Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated
`XP_057801415.1`	Pfam	`PF12554`	MOZART1	Family	11	56	1.2e-21	76.9	Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009099197.1
ATGTTAAAAATTAAAGATCCTATTTAAAAATTAGAACTTAGTTCTGCTGTTTCTCTTCGATTCTCTTCTCTCGCCTCTCTCTCTCTCTTCTTCACTCGCATCTCCCACTCTTAGATCCGCCGCCGCTGCCTCCGGTCACCCCCGCCACGGTGCCACTCCCCGCTCTTAGCAGGCCTAGCCGCACGACACAGGTAGTCCGCGGCAGGCTTCAACCACACATTCACGCTCGGCAGTCGGATCCTCCCTCGTCGCCAACCCGC...

XM_057945432.1
AAATTAAAGATCCTATTTAAAAATTAGAACTTAGTTCTGCTGTTTCTCTTCGATTCTCTTCTCTCGCCTCTCTCTCTCTCTTCTTCACTCGCATCTCCCACTCTTAGATCCGCCGCCGCTGCCTCCGGTCACCCCCGCCACGGTGCCACTCCCCGCTCTTAGCAGGCCTAGCCGCACGACACAGGTAGTCCGCGGCAGGCTTCAACCACACATTCACGCTCGGCAGTCGGATCCTCCCTCGTCGCCAACCCGCCACCCTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131016725
ATGCTCCAATGTTCGTTGCTCTGTTCTAGCTCCTGCCCCCTTTGCCGTCGATCTCCCCGCCGCGCTTCGATCTCCGCCGTCTTCCCCGCCGTCCGCTCCGATATCCGCCGTTTTCCACGCCGCCTGCTTCGATATCCGCCGTCTATCTCTGCATCTTCTCTAGTTCAGCTCCCGCCCCCTTTGCCATCGATCTCCCCGCCGCGCGCTTCGATCTCCGCCGTCTTCCCCGCCGCGCGCTTCGATCTCCGCCGTCTTCCCCG...

LOC131016725
ATGGATCAAGAAGCAGCAAGAACTGCACGGGATTCTCTGGACTTAGCGTTTCACATGTCTAACATTCTCGAAACTGGTTTGGATCGCCACACTCTTTCGATTCTGATCGCTCTCTGTGAAATGGGTATCAACCCAGAATCTTTGGCCGCCGTAGTTAAGGAGCTTCGTAGAGAATTGCCGCCTCCTTCTTCAGCCGAGACAGCAACATAA

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057801412.1
MLQCSLLCSSSCPLCRRSPRRASISAVFPAVRSDIRRFPRRLLRYPPSISASSLVQLPPPLPSISPPRASISAVFPAARFDLRRLPRRPLRYPPFSPSPAPISAVYLCIFSPSSPSVAAAIAGTMI

XP_057801413.1
MDQEAARTARDSLDLAFHMSNILETGLDRHTLSILIALCEMGINPESLAAVVKELRRELPPPSSAETAT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器