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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002573

染色体: Chr03 坐标: 40933273-40936290 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002573
名称SmilChr03G002573
描述uncharacterized SmilChr03G002573
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40933273 - 40936290 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016731
GeneID131016731
locus_tag-
NCBI NameLOC131016731
原始查询LOC131016731

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016731

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801419.1
2 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057801421.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057801422.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057801421.1
5 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057801419.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40933512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:40933528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B42,C50,C86
Chr3:40933550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C38,D11
Chr3:40933558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr3:40933562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B47,B98,C30,C55
Chr3:40933564 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 20 B106,B124,B17,B2,B31,B33,B52,B76,C11,C13,C16,C20,C29,C35,C46,C52,C59,C69,C7,D1
Chr3:40934913 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B35,B64,C24,D11
Chr3:40934913 TA T 1bp_deletion CDS_variant 4 B35,B64,C24,D11
Chr3:40935728 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 24 A13,A18,B100,B136,B31,B35,B47,B84,B89,B9,B94,B98,C16,C29,C4,C45,C58,C59,C72,C73,C80,C84,D1,D5
Chr3:40935805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B75,B8,C27,C65
Chr3:40935935 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr3:40935935 CGT C 2bp_deletion CDS_variant 1 C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099201.1
TTATTATATAATCACAATTAAACATTGTAATGATTCGACCTTCTCCACCAGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAAATTTCCACCGGCGATTCGCTCCACTGGCCGCAGCTGCGATCTGCCACCTTCCACCGCAAAGATTTCCCTTCTCCTCTCGTCCACCAGATTTCCACATTTCACCGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAAATTTCCATCGGTTTACCGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAGATTTCCATC...
XR_009099200.1
TATATAATCACAATTAAACATTGTAATGATTCGACCTTCTCCACCAGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAAATTTCCACCGGCGATTCGCTCCACTGGCCGCAGCTGCGATCTGCCACCTTCCACCGCAAAGATTTCCCTTCTCCTCTCGTCCACCAGATTTCCACATTTCACCGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAAATTTCCATCGGTTTACCGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAGATTTCCATCGGCG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131016731
ATGATTCGACCTTCTCCACCAGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAAATTTCCACCGGCGATTCGCTCCACTGGCCGCAGCTGCGATCTGCCACCTTCCACCGCAAAGATTTCCCTTCTCCTCTCGTCCACCAGATTTCCACATTTCACCGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAAATTTCCATCGGTTTACCGATTTCCCTTCTCCTCTCCTCCATCAGATTTCCATCGGCGATTCGCTTCACCGGCCGCAGCCGCG...
LOC131016731
ATGGTAAATTATTTCTCTTCTCCTCTCCTCCATCAGATTTCCACCGGTGATTCGCTTCACCGGCCGCAGCCGCGATCTGCCACCTTCCACTGCAATTCGCCGCTCCCCTTTTCCCTCCACTGCCGGACGCGATCTGCCAGAATCCGGCGGCCGCCAGCGGCTCAAGACCACAGCCATGCTTGCGTTGTGGAGCCATTTTACACTGCATTAGAGGATGTCGATGTCGAAAAACAGCAACGCCCCTACCTCTCAAACCTCGG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057801419.1
MIRPSPPDFPSPLLHQISTGDSLHWPQLRSATFHRKDFPSPLVHQISTFHRFPFSSPPSNFHRFTDFPSPLLHQISIGDSLHRPQPRSATFHCNSPLPFSLHRRTRFARIRRPPAAQDHGHACVVEPFYTALEDVDVEKQQRPYLSNLGEYLTGSG
XP_057801420.1
MIRPSPPDFPSPLLHQISTGDSLHWPQLRSATFHRKDFPSPLVHQISTFHRFPFSSPPSNFHRFTDFPSPLLHQISIGDSLHRPQPRSATFHCNSPLPFSLHRRTRFARIRRPPAAQDHGHACVVEPFYTALE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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