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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002584`

染色体: Chr03 坐标: 41105496-41109137 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002584`
名称	SmilChr03G002584
描述	diaminopimelate epimerase, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	41105496 - 41109137 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016742`
GeneID	`131016742`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016742`
原始查询	`LOC131016742`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	diaminopimelate epimerase, chloroplastic-like
产物	diaminopimelate epimerase%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G53580` (AT3G53580) diaminopimelate epimerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824526] identity=76.6; qcov=0.893; evalue=0; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0008837 (diaminopimelate epimerase activity); GO:0009089 (GO:0009089)
KEGG	smil00300 (Lysine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00470 (D-Amino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01678 (DAP_epimerase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016742

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057801437.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057801438.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801437.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801437.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801437.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:41105729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr3:41105730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr3:41105752`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr3:41105769`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C19
`Chr3:41105830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C13,C37
`Chr3:41105837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr3:41105855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B75,C33,C4,C54,C60
`Chr3:41106322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr3:41107263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr3:41107265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C37
`Chr3:41108619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr3:41108708`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A20,B38,B39,B91,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801437.1

433 aa

216

433

DAP_epimerase

PF01678 DAP_epimerase 82-202 aa PF01678 DAP_epimerase 236-324 aa

XP_057801438.1

364 aa

182

364

DAP_epimerase

PF01678 DAP_epimerase 82-202 aa PF01678 DAP_epimerase 236-357 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801437.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	82	202	5e-60	201.6	Diaminopimelate epimerase
`XP_057801437.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	236	324	5e-60	201.6	Diaminopimelate epimerase
`XP_057801438.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	82	202	3.3e-69	231.2	Diaminopimelate epimerase
`XP_057801438.1`	Pfam	`PF01678`	DAP_epimerase	Domain	236	357	3.3e-69	231.2	Diaminopimelate epimerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945454.1
ATATGGCTGTTCAGTTAATTAATGGGTTGATTTACGGCCCAATGTATATTTTTAGTAAGTCCAATTAAATCATTTTGAAACTCTCTCTTTCTACTCCCATAGTCGTCAAAATACTACTTCCTCGATATCCGCCGACGACAATGGCGATTGCCGCCGCCATAACGCCGCCGCTGACCGCCGCCAAACACCGCTCTCTTTCATCAGCATCTTCATCTCTTTGGCTCTCCTCTCCACCAATTCAGCTGCGCAATTATCTCCCG...

XM_057945455.1
ATATGGCTGTTCAGTTAATTAATGGGTTGATTTACGGCCCAATGTATATTTTTAGTAAGTCCAATTAAATCATTTTGAAACTCTCTCTTTCTACTCCCATAGTCGTCAAAATACTACTTCCTCGATATCCGCCGACGACAATGGCGATTGCCGCCGCCATAACGCCGCCGCTGACCGCCGCCAAACACCGCTCTCTTTCATCAGCATCTTCATCTCTTTGGCTCTCCTCTCCACCAATTCAGCTGCGCAATTATCTCCCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016742
ATGGCGATTGCCGCCGCCATAACGCCGCCGCTGACCGCCGCCAAACACCGCTCTCTTTCATCAGCATCTTCATCTCTTTGGCTCTCCTCTCCACCAATTCAGCTGCGCAATTATCTCCCGTCCCTCTCCATCTCAGCTGTCCGCAAATCTAATCTCCTTGTCTTCTCTTCCATGAGTATTCAGGCTCCGGAGAAGGCCTCCGCGACGTCGTTTCTCGACCACAAGGAGAGCGGAATTCTTTATTTCGTCAAGTACCACGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057801437.1
MAIAAAITPPLTAAKHRSLSSASSSLWLSSPPIQLRNYLPSLSISAVRKSNLLVFSSMSIQAPEKASATSFLDHKESGILYFVKYHGLGNDFILVDNRDSEEPKITPEQAVKLCDRNFGIGADGVIFALPGINGADYTMRIFNSDGSEPEMCGNGVRCFARFIAELENLHGNQSFNVHTGAGLIVPEIQEDGKVRVDMGQPILNASDVPTKLTANKDQAAVKAKLDVDGLIWNVTCVSMGNPHCVTFGTESCNDLQVDEL...

XP_057801438.1
MAIAAAITPPLTAAKHRSLSSASSSLWLSSPPIQLRNYLPSLSISAVRKSNLLVFSSMSIQAPEKASATSFLDHKESGILYFVKYHGLGNDFILVDNRDSEEPKITPEQAVKLCDRNFGIGADGVIFALPGINGADYTMRIFNSDGSEPEMCGNGVRCFARFIAELENLHGNQSFNVHTGAGLIVPEIQEDGKVRVDMGQPILNASDVPTKLTANKDQAAVKAKLDVDGLIWNVTCVSMGNPHCVTFGTESCNDLQVDEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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