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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002590

染色体: Chr03 坐标: 41212251-41215797 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002590
名称SmilChr03G002590
描述ras-related protein RABE1c-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41212251 - 41215797 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016749
GeneID131016749
locus_tag-
NCBI NameLOC131016749
原始查询LOC131016749

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ras-related protein RABE1c-like
产物ras-related protein RABE1c-like
ArabidopsisAT5G59840 (AT5G59840)
Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836105]
identity=91.2; qcov=0.953; evalue=2.02e-141; confidence=high
RiceOs07g0239400 (OsRab8A3)
-
identity=89.8; qcov=1; evalue=3.07e-136; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006904 (GO:0006904); GO:0009306 (protein secretion); GO:0017157 (regulation of exocytosis)
KEGGsmil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00009 (GTP_EFTU); PF00025 (Arf); PF00071 (Ras); PF01926 (MMR_HSR1); PF08477 (Roc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 1.00000 XP_057801449.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057801449.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057801449.1
4 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057801449.1
5 Endosome 内体 1.00000 XP_057801449.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41212467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,C13,C19,C37
Chr3:41212494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C72
Chr3:41212507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:41212527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:41212607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B5,B57
Chr3:41212685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr3:41212691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B73,C47,C78
Chr3:41212818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B46,D3
Chr3:41214383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,C40,D11
Chr3:41214434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:41214440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B42,B43
Chr3:41214564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801449.1
215 aa
N
1
108
215
Arf
Roc
Ras
MMR_HSR1
GTP_EFTU
C
PF00025 Arf 16-169 aa PF08477 Roc 17-131 aa PF00071 Ras 17-178 aa PF01926 MMR_HSR1 18-129 aa PF00009 GTP_EFTU 49-173 aa
XP_057801451.1
215 aa
N
1
108
215
Arf
Roc
Ras
MMR_HSR1
GTP_EFTU
C
PF00025 Arf 16-169 aa PF08477 Roc 17-131 aa PF00071 Ras 17-178 aa PF01926 MMR_HSR1 18-129 aa PF00009 GTP_EFTU 49-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801449.1 Pfam PF00025 Arf Domain 16 169 2.7e-15 57.0 ADP-ribosylation factor family
XP_057801449.1 Pfam PF08477 Roc Domain 17 131 5.7e-35 120.8 Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
XP_057801449.1 Pfam PF00071 Ras Domain 17 178 2.2e-67 226.4 Ras family
XP_057801449.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 18 129 1.7e-05 25.6 50S ribosome-binding GTPase
XP_057801449.1 Pfam PF00009 GTP_EFTU Domain 49 173 6.4e-07 29.9 Elongation factor Tu GTP binding domain
XP_057801451.1 Pfam PF00025 Arf Domain 16 169 2.7e-15 57.0 ADP-ribosylation factor family
XP_057801451.1 Pfam PF08477 Roc Domain 17 131 5.7e-35 120.8 Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
XP_057801451.1 Pfam PF00071 Ras Domain 17 178 2.2e-67 226.4 Ras family
XP_057801451.1 Pfam PF01926 MMR_HSR1 Family 18 129 1.7e-05 25.6 50S ribosome-binding GTPase
XP_057801451.1 Pfam PF00009 GTP_EFTU Domain 49 173 6.4e-07 29.9 Elongation factor Tu GTP binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945468.1
TTTTTTGGAGGAATTATTATTATCATTTGATATTGGAAAATTATGCAAATGAAAATAAGAGTTCAACGACCGATCGCTGCTGACCTACGCTTCCCTCCTCTTTTTTCTTCATTCCTAATTTATTAGATCCCTCGATCTGCTAATCAGATGGCTGCTGCACCCGCCAGAGCTCGAGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTCCTATTGATCGGCGACAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGTCTTCTTCTAAGATTTTCGGATGG...
XM_057945466.1
TGGAGGAATTATTATTATCATTTGATATTGGAAAATTATGCAAATGAAAATAAGAGTTCAACGACCGATCGCTGCTGACCTACGCTTCCCTCCTCTTTTTTCTTCATTCCTAATTTATTAGATCCCTCGATCTGCTTATTTATGTTGCTTGGGTTTGTTTAATCAAAATAAAATTAAAAAAAAATCTGAAGCTAATCAGATGGCTGCTGCACCCGCCAGAGCTCGAGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTCCTATTGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131016749
ATGGCTGCTGCACCCGCCAGAGCTCGAGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTCCTATTGATCGGCGACAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGTCTTCTTCTAAGATTTTCGGATGGCTCTTTCACCACCAGTTTCATTACTACCATTGGGATTGATTTTAAGATAAGGACTGTAGAGCTTGATGGTAAAAGAATCAAGCTACAAATTTGGGATACTGCCGGACAAGAGCGGTTCCGTACTATTACTACCGCTTACTATCGTGG...
LOC131016749
ATGGCTGCTGCACCCGCCAGAGCTCGAGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTCCTATTGATCGGCGACAGCGGTGTGGGTAAAAGTTGTCTTCTTCTAAGATTTTCGGATGGCTCTTTCACCACCAGTTTCATTACTACCATTGGGATTGATTTTAAGATAAGGACTGTAGAGCTTGATGGTAAAAGAATCAAGCTACAAATTTGGGATACTGCCGGACAAGAGCGGTTCCGTACTATTACTACCGCTTACTATCGTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057801449.1
MAAAPARARADYDYLIKLLLIGDSGVGKSCLLLRFSDGSFTTSFITTIGIDFKIRTVELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGILLVYDVTDESSFNNIRNWIRNIEQHASDNVNKVLVGNKADMDESKRAFPTSRGQALADEYGIKFFETSAKTNMNVEEVFFSIARDIKQRLAETDSKAEPQTIKITQPDQIGGASQVAQKSSCCG
XP_057801451.1
MAAAPARARADYDYLIKLLLIGDSGVGKSCLLLRFSDGSFTTSFITTIGIDFKIRTVELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGILLVYDVTDESSFNNIRNWIRNIEQHASDNVNKVLVGNKADMDESKRAFPTSRGQALADEYGIKFFETSAKTNMNVEEVFFSIARDIKQRLAETDSKAEPQTIKITQPDQIGGASQVAQKSSCCG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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