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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002616

染色体: Chr03 坐标: 41563902-41567348 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002616
名称SmilChr03G002616
描述uncharacterized SmilChr03G002616
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向41563902 - 41567348 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016772
GeneID131016772
locus_tag-
NCBI NameLOC131016772
原始查询LOC131016772

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016772

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801481.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057801481.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057801481.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057801481.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801481.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:41566797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B25,C20,C28
Chr3:41566800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr3:41566801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,C30
Chr3:41566823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,C57,C7
Chr3:41566826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr3:41566858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr3:41566877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B60,B72,B86,C52
Chr3:41566885 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B120,C23,D4
Chr3:41566885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C23,D4
Chr3:41566887 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B38
Chr3:41566887 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B38
Chr3:41566891 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A7,B42,B43,B71,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945498.1
GTGTACCGGCCCCGTTACGATCTTTCAGCGATTGAGTTCAGATCGACACAAATCTAACTCTTGTAGCTGTTGATCGGCATACTCGCTTGAGTTCAGATCGACACAGATCTTAGCCAAGCCGGCTTAGATCGGTAAACCGCAGTGATGAGCAACCTTTGGGAAGCCTACCTGAGCGGCGCTTACATTCCAGACACGGAAGATGAGGACTACACTTTGTGGGGTGTCCCGCCGGCGGTGGATTGCCATTTCTCGGCGAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016772
ATGAGCAACCTTTGGGAAGCCTACCTGAGCGGCGCTTACATTCCAGACACGGAAGATGAGGACTACACTTTGTGGGGTGTCCCGCCGGCGGTGGATTGCCATTTCTCGGCGAGTTTCTCGGAGATAGAGGAGGAGTCGGAAGTGGTGGAGGAGGCAGAAGCTGGGCGTGAGTCGCCCGGAGCCCTAGCTCCGGCGAAACCAAGGTGGTCCTTGTTTAGGCGTCCCATGCCTTTAAATCCATCTATATCTGTTATTAACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801481.1
MSNLWEAYLSGAYIPDTEDEDYTLWGVPPAVDCHFSASFSEIEEESEVVEEAEAGRESPGALAPAKPRWSLFRRPMPLNPSISVINPSFEPENSDFDDGSLFCEENWDEVVRYCGPEAPVRKFTHSPAMLAFMNGLLYFPEYWRSIGESPSADKRRT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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