Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002621`

染色体: Chr03 坐标: 41602122-41608061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002621`
名称	SmilChr03G002621
描述	uncharacterized protein At1g28695-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	41602122 - 41608061 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016774`
GeneID	`131016774`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016774`
原始查询	`LOC131016774`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839771]; symbol=AT1G28710; hit=AT1G28710; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839771]; symbol=AT1G28710; hit=AT1G28710; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G28710` (AT1G28710) Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839771] identity=55.1; qcov=0.834; evalue=1.67e-110; confidence=high
Rice	`Os03g0731800` (OSJNBa0079G12.19) - identity=49.7; qcov=0.851; evalue=1.13e-87; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03407 (Nucleotid_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016774

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057801484.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057801484.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801484.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801484.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801484.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:41602330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:41602565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:41602663`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr3:41607396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B93,C19,C78,C83
`Chr3:41607414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr3:41607429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,C20,C27
`Chr3:41607456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr3:41607512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr3:41607518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr3:41607811`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B100
`Chr3:41607811`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B100
`Chr3:41607820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801484.1

350 aa

175

350

Nucleotid_trans

PF03407 Nucleotid_trans 108-309 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801484.1`	Pfam	`PF03407`	Nucleotid_trans	Family	108	309	5.6e-61	206.9	Nucleotide-diphospho-sugar transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945501.1
AGTGAGAATGCAATACGATATTACTAAATAAGAAACTAGAATTAATAATATTTTTCCATATATCAGGTAGTTTTCATGACTCTCCAACTCTCTGGCCCCCCTCTATAGCCGCCTGCTTCCTTGAATATATTGTCAAACACAAGATTAATCAAACACAAAATAATCATGGATTACTCCAAAATTAAACCCAGCAAAATTCTTGCAACCCTCTCTTTAACGGTAGCAATCATATTTCTTCTCTCTTCATGGGAGCCCTTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016774
ATGGATTACTCCAAAATTAAACCCAGCAAAATTCTTGCAACCCTCTCTTTAACGGTAGCAATCATATTTCTTCTCTCTTCATGGGAGCCCTTAACCTACAAGCGAGACTCGTTTTTACCACTGAAGAATTCCACCGCAAAATCTATGGTATCTTCAGAGAAAGATGAGCTGGAGGTAGCGTTGGAGAAGGCGTCAATGGCGAACAAGACGGTGATCATCGCCATCATCAACAAAGCTTACGTGGAGCCCAACGACGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801484.1
MDYSKIKPSKILATLSLTVAIIFLLSSWEPLTYKRDSFLPLKNSTAKSMVSSEKDELEVALEKASMANKTVIIAIINKAYVEPNDDEYPSMFDLFLEGFWVGEDTRPLLTHLVVVSMDTTAHERCLFRRLNCYRLAAEGDGFAGEKVYMSPEFIEMMWRRTYFLVQVLKRGYSFIFTDSDILWLRNPLARLVKDESVDLHISTDTYKGDASSTSRNPINTGFYFVKSSNKTTSLFERWYDTRKNSTGMKEQDVLVKLVRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器