Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001653`

染色体: Chr03 坐标: 21464796-21469176 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001653`
名称	SmilChr03G001653
描述	ankyrin repeat-containing protein BDA1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	21464796 - 21469176 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016780`
GeneID	`131016780`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016780`
原始查询	`LOC131016780`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ankyrin repeat-containing protein BDA1-like
产物	ankyrin repeat-containing protein BDA1-like
Arabidopsis	`AT4G10720` (AT4G10720) Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826666] identity=32.4; qcov=0.86; evalue=1.25e-55; confidence=low
Rice	`Os01g0837000` (OsNPR4) - identity=25.8; qcov=0.634; evalue=1.6e-15; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF12796 (Ank_2); PF13962 (PGG)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016780

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801489.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801489.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801489.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801489.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801489.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:21465001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	116	A1,A10,A19,A20,A25,A4,A8,B1,B10,B100,B103,B106,B107,B11,B110,B111,B112,B113,B115,B117,B12,B120,B123,B124,B127,B128,B133,B134,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B22,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B57,B59,B60,B65,B69,B70,B71,B72,B76,B79,B81,B83,B89,B9,B91,B97,B98,B99,C1,C12,C15,C16,C17,C2,C21,C23,C28,C29,C3,C31,C32,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C49,C50,C52,C55,C56,C57,C58,C59,C68,C7,C70,C71,C79,C82,C85,C87,D4,D5,D8,D9
`Chr3:21465251`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr3:21465403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,C18,C49,C77
`Chr3:21465671`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C62
`Chr3:21465671`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C62
`Chr3:21465678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B98
`Chr3:21465696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B2
`Chr3:21465705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C29
`Chr3:21465868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr3:21468447`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	157	A1,A13,A15,A16,A18,A19,A21,A22,A3,A4,A8,B10,B100,B101,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B120,B123,B125,B128,B129,B132,B134,B135,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B25,B26,B27,B29,B35,B36,B4,B40,B44,B48,B5,B50,B51,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B62,B64,B65,B66,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B89,B94,B95,B96,B97,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C17,C2,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C57,C59,C6,C62,C63,C67,C69,C7,C70,C71,C75,C76,C78,C80,C81,C84,C86,C87,D1,D2,D4,D5,D8,D9
`Chr3:21468496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B63,C48
`Chr3:21468535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801489.1

514 aa

257

514

Ank_2

PGG

PF12796 Ank_2 37-108 aa PF12796 Ank_2 58-132 aa PF13962 PGG 307-351 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801489.1`	Pfam	`PF12796`	Ank_2	Repeat	37	108	5.4e-20	72.5	Ankyrin repeats (3 copies)
`XP_057801489.1`	Pfam	`PF12796`	Ank_2	Repeat	58	132	5.4e-20	72.5	Ankyrin repeats (3 copies)
`XP_057801489.1`	Pfam	`PF13962`	PGG	Domain	307	351	1.8e-10	41.3	Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945506.1
TTCCTTAAGTGGCAGTCAATTGCAGAATGCCTTGCTTCAATCGTTATCAGATCACAAATCACTTGTACAAAGGCATTCATTTATCCATATGTATAAATGCTAGATTAATGATTCATTAGTACATTAGAACATCTTTAAAGTAACAAAATTTCTATACTTGTAGCAGCAATGGAGGGCGAAGAAAAGAAAACGGCAGAAGATATTCTAAACAGAAGAAGTATATGTAAGGGTGGGTGCAGCAACAAAGAAAATTGCTGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016780
ATGGAGGGCGAAGAAAAGAAAACGGCAGAAGATATTCTAAACAGAAGAAGTATATGTAAGGGTGGGTGCAGCAACAAAGAAAATTGCTGCATGAAACAGATATACACACTGATAAAGGAGCACAAAAAGGAGTGGAAGGAGATCGAGGAGATGAGCTTCGCGGAAACTCCGCTGCACAGAGCGGCCGCAGCGGGGAACACAGAGGTGGCTGTGGAGATCTTGAACCTGATGCCGTCGCTGGGCAGGAAGCTGAACGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801489.1
MEGEEKKTAEDILNRRSICKGGCSNKENCCMKQIYTLIKEHKKEWKEIEEMSFAETPLHRAAAAGNTEVAVEILNLMPSLGRKLNEEGLSPLHLAIEGAHHDTARVMARFDKQLVRVKGKKGMTPLMQCATSADLDKGIKDLELLARLLVACPESVADINNNNQTVVHVALEHRRCDTVCVLVDWLRRRDQIASILSVKDINGNTALHAAAQFGCVTGTKKIVGLVKLNVLNSEKMTALDIAIKHNQVFGISDIENSIKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器