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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000120

染色体: Chr03 坐标: 1302179-1322501 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000120
名称SmilChr03G000120
描述putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1302179 - 1322501 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016795
GeneID131016795
locus_tag-
NCBI NameLOC131016795
原始查询LOC131016795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物putative late blight resistance protein homolog R1C-3
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=26.6; qcov=0.982; evalue=9.86e-67; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=29.6; qcov=0.896; evalue=7.61e-83; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057801514.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057801513.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057801515.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801513.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801513.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1302761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,C52,C68
Chr3:1302788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B56,B62,B96,B98
Chr3:1302862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C52,C6,C68
Chr3:1302876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr3:1302919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C61
Chr3:1302923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C61
Chr3:1302938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C61
Chr3:1302986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D9
Chr3:1302998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C61,C9
Chr3:1303004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C61,C9
Chr3:1303005 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 D9
Chr3:1303005 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801513.1
976 aa
N
1
488
976
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 252-413 aa PF23559 WHD_DRP 500-571 aa PF23598 LRR_14 623-828 aa
XP_057801514.1
959 aa
N
1
480
959
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 235-396 aa PF23559 WHD_DRP 483-554 aa PF23598 LRR_14 606-811 aa
XP_057801515.1
905 aa
N
1
452
905
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 181-342 aa PF23559 WHD_DRP 429-500 aa PF23598 LRR_14 552-757 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801513.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 252 413 2e-40 138.9 NB-ARC domain
XP_057801513.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 500 571 3.2e-16 59.8 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801513.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 623 828 1.6e-20 73.9 Leucine-rich repeat region
XP_057801514.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 235 396 1.9e-40 139.0 NB-ARC domain
XP_057801514.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 483 554 3.1e-16 59.9 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801514.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 606 811 1.5e-20 74.0 Leucine-rich repeat region
XP_057801515.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 181 342 8.7e-41 140.1 NB-ARC domain
XP_057801515.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 429 500 2.7e-16 60.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801515.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 552 757 1.3e-20 74.2 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945532.1
ATTCTGAAAGGTGGATGAAAGCTGCACACATAATGTTTCTGATAATAATTGAGAAGAGGAGATATACCCATTTTACACATTGTTTTTGCTGAACCTAAACTCAGATTCTATCAAATTCTTTCTCAGAAAAATATACATACACTGTTTTTCCTTGGATCATGGCGGCATATGCAGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATCGATACGATCGAACATCACCATTCCCCTCCAGTTTCTATCGACAAACAACAAGTTGAATCT...
XM_057945531.1
CTGTAGGGTCAACCGACAAGTCTTCTCTTATCTTAGCTGTTTGGCATTAATGTGATTCTGAAAGGTGGATGAAAAGCTGCACACATAATGTTTCTGATAATAATTGAGAAGAGGAGATATAGCCATTTTACACATTGTTTTTGCTCAACCTAAACTCAGATTCTATCAAATTCTTTCTCAGAAAAATATACACTGTTTTTCCTTGGATCATGGCAGCCTATGCAGCCATAGTTTCTCTTATGAATACCATCAATCAGATC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131016795
ATGGCGGCATATGCAGCCTTGGTTTCTCTTATGCATATCATCGATACGATCGAACATCACCATTCCCCTCCAGTTTCTATCGACAAACAACAAGTTGAATCTCTCACTCAAATTGTTACCTTTTTGCAGGAATTTCTTGAAAGTTATAAGTCCCCTGTTTGCGATGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGTATCGCAGATGCAGCTCATGCTGTTGAAGATGTTATCGAATCACATATTGTGAACGTGATTAAACT...
LOC131016795
ATGGCAGCCTATGCAGCCATAGTTTCTCTTATGAATACCATCAATCAGATCGAGCACCACCCTTCCCCTCCAATTTCTATCCACAAACAACAACTTGAATCTCTCACTCAAATTGTTACCTTTTTGCAGGAATTTCTTGAAAGTTATAAGTCCCCTGTTGCCGATGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGTATCGCAGATGCAGCTCATGCTGTTGAAGATGTTATCGAATCACATATTGTGGACAAGCTTCAGCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057801513.1
MAAYAAIVSLMNTINQIEHHPSPPISIHKQQLESLTQIVTFLQEFLESYKSPVADGDEADPLEMRIADAAHAVEDVIESHIVDKLQPRRSKRIADAANAAEDAIESHIVDKLQLRRSKKAKIDTAEADEQINFYQDRLQQVIEEMNVIKKEAMENELGRSMSPNEEFLQGYVVDAAHAAEEVNSREEVSCINFYQDLQQVIEEMNVINKEAMETSAEAQLQRKVSSTHAGSLTSSSTVKESMMVGFDDVQLQLLDWLTGG...
XP_057801514.1
MAAYAAIVSLMNTINQIEHHPSPPISIHKQQLESLTQIVTFLQEFLESYKSPVADGDEADPLEMRIADAAHAVEDVIESHIVDKLQPRRSKRIADAANAAEDAIESHIVDKLQLRRSKKAKIDTAEADEQIKKEAMENELGRSMSPNEEFLQGYVVDAAHAAEEVNSREEVSCINFYQDLQQVIEEMNVINKEAMETSAEAQLQRKVSSTHAGSLTSSSTVKESMMVGFDDVQLQLLDWLTGGNRNRQIIPITGMGGIGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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