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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001293

染色体: Chr01 坐标: 25757930-25762497 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001293
名称SmilChr01G001293
描述F-box protein At2g32560-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25757930 - 25762497 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016796
GeneID131016796
locus_tag-
NCBI NameLOC131016796
原始查询LOC131016796

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein At2g32560-like
产物F-box protein At2g32560-like
ArabidopsisAT2G32560 (AT2G32560)
F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817817]
identity=57.2; qcov=1.01; evalue=1.55e-158; confidence=high
RiceOs01g0281000 (OsFbox006)
-
identity=60.6; qcov=0.808; evalue=7.72e-144; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016796

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801517.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801517.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801517.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801517.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801517.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25759118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:25759367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B27,B94,C49
Chr1:25759459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C65
Chr1:25759473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C48
Chr1:25759580 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:25759614 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:25761977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801517.1
396 aa
N
1
198
396
F-box
F-box-like
C
PF00646 F-box 89-130 aa PF12937 F-box-like 89-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801517.1 Pfam PF00646 F-box Domain 89 130 1e-07 32.3 F-box domain
XP_057801517.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 89 130 4.5e-08 33.5 F-box-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945534.1
TCAGATCTAAAATAAGTGAAGTTTTATGAGTGATCATAACCCATTATTTATCATCCCTCCCATCATCCAAGAATTTCGCAAAGCGTCACCACAACTTCTATTATTCTTTTGTATGAACAACGGAGGCCCGAAGTTTACTCCACACCTGCGGGCCGTCCTTGAGCCCGAAAATTTGCTCGAAATCTACGCAAAGATCAGATTCCAAAGTGCCCATTTTAACTGCTAAACAACGACAACGACCGAAAAAAAAACTACTATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016796
ATGTTGTTCTTCTTGTTCACCTGCTGCTTCTCTTTCATCTTTTTCTATAAGTCACTTGCCATCAAGCCACTCCCACCATGGGCTCATGAGATGAGACTGCTGTCTCTCTGTTTTTGGAAGGACCTTTCATTTTTGCGGTTGATCAAGTCAATTAAAAGCACCATTTTTGGTGTGATTTCCTTACTTTTAGCTTCAAGAATGTCACCTAGGAAGAACTCTAGTCCAAAGGTGGAGAGCATCGAGATGGCATCAGACATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801517.1
MLFFLFTCCFSFIFFYKSLAIKPLPPWAHEMRLLSLCFWKDLSFLRLIKSIKSTIFGVISLLLASRMSPRKNSSPKVESIEMASDMSVLDLPDLVLETILEKLPPEGLCRMATVCTSLRERCISDHLWEKHMKNKWSKIVGSAAYREWQWYIVSGKGPVFSNQGKQNSLVGYLTQLWPIMLIRSSFSSGTKKSNFLPVDSTMSWYIALESGKFWFPAQVYNRENGHVGFMLSCYDAELCYDQRTNTFKARYPPHGRRASP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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