当前解析结果
SmilChr01G001299| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001299 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001299 |
| 描述 | GDP-mannose transporter GONST1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 25859512 - 25865599 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016822 |
|---|---|
| GeneID | 131016822 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016822 |
| 原始查询 | LOC131016822 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDP-mannose transporter GONST1 |
| 产物 | GDP-mannose transporter GONST1 |
| Arabidopsis | AT2G13650 (GONST1)golgi nucleotide sugar transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815850] identity=86.9; qcov=1; evalue=2.02e-124; confidence=high |
| Rice | Os03g0826300- identity=66.3; qcov=0.995; evalue=2e-97; confidence=high |
| GO | GO:0005458 (GDP-mannose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016822 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057801563.1 |
| 2 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057801563.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801577.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801577.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801577.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:25861725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C86 |
Chr1:25863178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:25865399 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 166 | A1,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A6,A7,B1,B100,B102,B104,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B123,B124,B126,B128,B129,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B53,B54,B56,B59,B60,B61,B63,B64,B66,B70,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B82,B83,B84,B85,B88,B9,B90,B91,B92,B96,B98,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C27,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C6,C60,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C71,C73,C76,C77,C80,C81,C82,C83,C85,C86,C9,D10,D11,D3,D5,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801563.1PF03151
TPT 39-319 aa
XP_057801570.1PF03151
TPT 39-319 aa
XP_057801577.1PF03151
TPT 4-193 aa
XP_057801585.1PF03151
TPT 4-193 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801563.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 39 | 319 | 8.4e-14 | 52.3 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057801570.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 39 | 319 | 8.4e-14 | 52.3 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057801577.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 4 | 193 | 1.3e-07 | 32.0 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057801585.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 4 | 193 | 1.3e-07 | 32.0 | Triose-phosphate Transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。