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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001299

染色体: Chr01 坐标: 25859512-25865599 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001299
名称SmilChr01G001299
描述GDP-mannose transporter GONST1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向25859512 - 25865599 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016822
GeneID131016822
locus_tag-
NCBI NameLOC131016822
原始查询LOC131016822

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDP-mannose transporter GONST1
产物GDP-mannose transporter GONST1
ArabidopsisAT2G13650 (GONST1)
golgi nucleotide sugar transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815850]
identity=86.9; qcov=1; evalue=2.02e-124; confidence=high
RiceOs03g0826300
-
identity=66.3; qcov=0.995; evalue=2e-97; confidence=high
GOGO:0005458 (GDP-mannose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057801563.1
2 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057801563.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801577.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801577.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801577.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:25861725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C86
Chr1:25863178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:25865399 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 166 A1,A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A6,A7,B1,B100,B102,B104,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B123,B124,B126,B128,B129,B132,B133,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B34,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B53,B54,B56,B59,B60,B61,B63,B64,B66,B70,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B79,B82,B83,B84,B85,B88,B9,B90,B91,B92,B96,B98,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C27,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C6,C60,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C71,C73,C76,C77,C80,C81,C82,C83,C85,C86,C9,D10,D11,D3,D5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801563.1
334 aa
N
1
167
334
TPT
C
PF03151 TPT 39-319 aa
XP_057801570.1
334 aa
N
1
167
334
TPT
C
PF03151 TPT 39-319 aa
XP_057801577.1
206 aa
N
1
103
206
TPT
C
PF03151 TPT 4-193 aa
XP_057801585.1
206 aa
N
1
103
206
TPT
C
PF03151 TPT 4-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801563.1 Pfam PF03151 TPT Family 39 319 8.4e-14 52.3 Triose-phosphate Transporter family
XP_057801570.1 Pfam PF03151 TPT Family 39 319 8.4e-14 52.3 Triose-phosphate Transporter family
XP_057801577.1 Pfam PF03151 TPT Family 4 193 1.3e-07 32.0 Triose-phosphate Transporter family
XP_057801585.1 Pfam PF03151 TPT Family 4 193 1.3e-07 32.0 Triose-phosphate Transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945580.1
TTTTCTCGAGGAAAAGCAGCTCCCGATTCCCGCAAACTTGAAGCAACAAAATGTACTTTTTTTTTATACCAGTTTCCCTAATATTCAAAAAGTGCTAGAAAAAGTATAGACTCAGAAAGGTTCTCACTCGTTTGTGCGCCTTTGACTCTTCATCTCTCTCTCTCACATATATATACTCAAGTTGAGCCTTCTCTTGGCATAAATAGCAGCTGAGCAGAAGTAGATTCAATCTCTCGATCACACGGAGAAAAAAAATACTA...
XM_057945587.1
TGCTAGAAAAAGTATAGACTCAGAAAGGTTCTCACTCGTTTGTGCGCCTTTGACTCTTCATCTCTCTCTCTCACATATATATACTCAAGTTGAGCCTTCTCTTGGCATAAATAGCAGCTGAGCAGAAGTAGATTCAATCTCTCGATCACACGGAGAAAAAAAATACTACAAGTTCTTGGAAAATTATCAAAAGGTGCTTCTGTGGATCCACCCGATTGTTCTCTTGGAGAGATCTGACTGTGGGTATCAGATAAATATTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131016822
ATGAAGACTCATAGTTCTAATGAGGAGATTGATATGGAGAGCCGGAGGTTAGTAAAGGACAAAGAACGACCTGTACGAAGTAAAAGAGTGATCACAATACATAATCAGGCCCTGTTATCTGGTTTTGCATACTGTATCTCATCCTGCAGCATGATACTGGTTAACAAGTATGTCCTCTCCAGCTATGACTTTAATGCTGGAATATCTTTGATGCTCTACCAGAATCTTGTCTCTGTAGTCATTGTTTCTATCTTGAGTCT...
LOC131016822
ATGAAGACTCATAGTTCTAATGAGGAGATTGATATGGAGAGCCGGAGGTTAGTAAAGGACAAAGAACGACCTGTACGAAGTAAAAGAGTGATCACAATACATAATCAGGCCCTGTTATCTGGTTTTGCATACTGTATCTCATCCTGCAGCATGATACTGGTTAACAAGTATGTCCTCTCCAGCTATGACTTTAATGCTGGAATATCTTTGATGCTCTACCAGAATCTTGTCTCTGTAGTCATTGTTTCTATCTTGAGTCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057801563.1
MKTHSSNEEIDMESRRLVKDKERPVRSKRVITIHNQALLSGFAYCISSCSMILVNKYVLSSYDFNAGISLMLYQNLVSVVIVSILSLLGVVTTEPLTWRLIKVWLPVNVIFVGMLVTSMFSLRYINVAMVTVLKNVTNVITAVGEMYMFNKQHDNRVWASLFIMIISAISGGITDLSFNAIGYTWQFINCFLTASYSLTLRRVMDTAKQVTKSGELNEFSMVLLNNTLSLPLGLLLIFVFNEVDYLSQTPLLRLPTFWVV...
XP_057801570.1
MKTHSSNEEIDMESRRLVKDKERPVRSKRVITIHNQALLSGFAYCISSCSMILVNKYVLSSYDFNAGISLMLYQNLVSVVIVSILSLLGVVTTEPLTWRLIKVWLPVNVIFVGMLVTSMFSLRYINVAMVTVLKNVTNVITAVGEMYMFNKQHDNRVWASLFIMIISAISGGITDLSFNAIGYTWQFINCFLTASYSLTLRRVMDTAKQVTKSGELNEFSMVLLNNTLSLPLGLLLIFVFNEVDYLSQTPLLRLPTFWVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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