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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000026

染色体: Chr03 坐标: 370239-372416 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000026
名称SmilChr03G000026
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向370239 - 372416 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016854
GeneID131016854
locus_tag-
NCBI NameLOC131016854
原始查询LOC131016854

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
ArabidopsisAT3G23330 (AT3G23330)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821914]
identity=32.8; qcov=1.01; evalue=9.2e-109; confidence=low
RiceOs07g0239600 (P0523A04.110)
-
identity=43; qcov=0.925; evalue=5.95e-156; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057801616.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801616.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801616.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801616.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801616.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:370483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C31
Chr3:370554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C31
Chr3:370573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr3:370597 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,C25,C32,C52,C68
Chr3:370709 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B78
Chr3:370817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:370828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr3:370835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B135,B68,C58
Chr3:370864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr3:370869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr3:371042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr3:371149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801616.1
599 aa
N
1
300
599
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 80-105 aa PF01535 PPR 184-210 aa PF13041 PPR_2 212-253 aa PF01535 PPR 215-243 aa PF01535 PPR 287-313 aa PF01535 PPR 322-349 aa PF01535 PPR 394-421 aa PF13041 PPR_2 420-468 aa PF13812 PPR_3 421-467 aa PF01535 PPR 423-453 aa PF01535 PPR 458-484 aa PF20431 E_motif 538-599 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 80 105 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 184 210 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 212 253 1.8e-51 172.8 PPR repeat family
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 215 243 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 313 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 349 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 394 421 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 420 468 1.8e-51 172.8 PPR repeat family
XP_057801616.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 421 467 2e-15 57.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 423 453 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 458 484 1e-46 154.6 PPR repeat
XP_057801616.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 538 599 7e-12 46.1 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945633.1
AAAACAGTTGCATGAAGAAAGTGGTATATTAAATGTTTCAATCTCAAGGTCATGCGTTCTACGCCTACCACATCTTATCCAACATTGATGTGTGGCGGTGACTGGTGATCAAAGAAACAGCTTCAAATGTAAATTCCATGGCGCCCGCCAAATCTCTCTTTAAAAGGGTGACCTACACCACCTTATATTTGAAAATCACACACTACTCTTCATTTTCTCCCTCCAATCTACGCCCACATCACTCCTCCCTCATCAAGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016854
ATGGCGCCCGCCAAATCTCTCTTTAAAAGGGTGACCTACACCACCTTATATTTGAAAATCACACACTACTCTTCATTTTCTCCCTCCAATCTACGCCCACATCACTCCTCCCTCATCAAGACCGGCTCTATCCATTTCCTGCACGTGGCTAACTATCTCTTGAAGCTCTACCTGCACACCCCTGATTTCGACTGTGCCCGCAACCTGTTCGACGAAATTCCCCAACGAGATGTCAGAACTTGGACCCTTCTCATCTCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801616.1
MAPAKSLFKRVTYTTLYLKITHYSSFSPSNLRPHHSSLIKTGSIHFLHVANYLLKLYLHTPDFDCARNLFDEIPQRDVRTWTLLISGLSKFGHHRIALDYFAAMQNQATVAPNAFTLSSVLKCCASIRDDGLQIGKAVHGWIITSGVDVDVALDNALLDFYAKFRQFDCVRRFFESMDEKDSTSWNIVMAAKLRDGKMEETLDFFWRLPNKSIASWNTIIDGHLQQGLKGEALELLYEMVKLGYAFDVVTFSISLALASS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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