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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000167

染色体: Chr03 坐标: 1828698-1834802 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000167
名称SmilChr03G000167
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-14
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1828698 - 1834802 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016855
GeneID131016855
locus_tag-
NCBI NameLOC131016855
原始查询LOC131016855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-14
产物putative late blight resistance protein homolog R1B-14
ArabidopsisAT3G46730 (AT3G46730)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823826]
identity=29; qcov=0.877; evalue=2.34e-38; confidence=low
RiceOs09g0479500
-
identity=30.8; qcov=0.714; evalue=1.71e-37; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801619.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057801619.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801619.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801619.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801619.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1828765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C5
Chr3:1828809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B81,B97,C31,C49,C57
Chr3:1828811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C64
Chr3:1828827 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 20 A14,A20,A5,B1,B103,B106,B127,B138,B37,B41,B48,B8,B87,C21,C32,C41,C7,C77,C78,D4
Chr3:1828830 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 20 A14,A20,A5,B1,B103,B106,B127,B138,B37,B41,B48,B8,B87,C21,C32,C41,C7,C77,C78,D4
Chr3:1828873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B68,D2
Chr3:1828887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C27
Chr3:1828906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B103
Chr3:1828910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr3:1829007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:1829069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B65,B82,C83
Chr3:1829093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801619.1
583 aa
N
1
292
583
WHD_DRP
LRR_14
C
PF23559 WHD_DRP 98-168 aa PF23598 LRR_14 240-546 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801619.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 98 168 1e-18 67.8 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057801619.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 240 546 3.6e-22 79.3 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099245.1
AACATCTAAGGGACAATTTCGTGAACTGTGACTTCTGCTAATCGACGGATCATATTTGGGTTTTTGGAGAACTAAAGCTAGCCACTTCCCAAGACTTGAGTGCCTAATGCTTTATTGGTGTTATGGTCTAAAGGAGATTCCAAGTAATATTGGAGACATTCCAACACTTAAACTCATTGAGGTTGATGATAAGTCTTCTAGTAGCCTTTTGAGATCAGCAAAATGGATAGAAGAAGAACAATGGAATTCTGGAAATTATA...
XR_009099246.1
AACATCTAAGGGACAATTTCGTGAACTGTGACTTCTGCTAATCGACGGATCATATTTGGGTTTTTGGAGAACTAAAGCTAGCCACTTCCCAAGACTTGAGTGCCTAATGCTTTATTGGTGTTATGGTCTAAAGGAGATTCCAAGTAATATTGGAGACATTCCAACACTTAAACTCATTGAGGTTGATGATAAGTCTTCTAGTAGCCTTTTGAGATCAGCAAAATGGATAGAAGAAGAACAATGGAATTCTGGAAATTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016855
ATGAGTTTGATGGATTCACATCAAAGCTGGAATTTGCTAAAGCGGAAGGTGTTCAGATGTAAAGACATTCCTGTTGAATTGGAAGACATTGGCTTCAAAATTGCTAAAAATTGTGGTGGATTGCCCCTTTCACTCGTGGTGGCGGCAGGACTTCTATCTAAGATTCCGATTCATAATCGAGACTCATGGAAGCAAATTGCTGCAAACGGCGGGCAGCTTGAAACAATAATTTGTTTGAGTTATACCCATTTACACAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801619.1
MSLMDSHQSWNLLKRKVFRCKDIPVELEDIGFKIAKNCGGLPLSLVVAAGLLSKIPIHNRDSWKQIAANGGQLETIICLSYTHLHNHSKPCLLYMAGFPEDYEIRVSELIHLWISEGFVTLSNGSQSLEEEAEDFMEDLVERSLVLVTYRKSDGKIKSCSLHDIVREFLVRQAAKEKVILSVMDYLPTPILRKHFVPRLIKDHHIISASSYDLHLKDYVHSSHIRIIICIPNKGYRSVGFVEKFSSLRVLHVLRRNDHWD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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