Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000010`

染色体: Chr03 坐标: 110983-112857 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000010`
名称	SmilChr03G000010
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	110983 - 112857 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016870`
GeneID	`131016870`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016870`
原始查询	`LOC131016870`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1, chloroplastic-like
产物	protein WHAT'S THIS FACTOR 1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G62990` (emb1692) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836419] identity=57.4; qcov=0.891; evalue=1.41e-166; confidence=high
Rice	`Os04g0312100` - identity=49.9; qcov=0.749; evalue=1.89e-101; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF11955 (PORR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016870

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057801631.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057801631.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801631.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801631.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801631.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:111081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A8
`Chr3:111081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr3:111101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B108
`Chr3:111152`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B105,C76
`Chr3:111152`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B105,C76
`Chr3:111154`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A21,B108,C65
`Chr3:111154`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A21,B108,C65
`Chr3:111191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B108,C65
`Chr3:111193`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	A13,A6,B25,B48,B6,B78,C19,C61,C66,C67,C83
`Chr3:111196`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A13,A6,B25,B48,B6,B78,C19,C61,C66,C67,C83
`Chr3:111248`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B108,B112,B84
`Chr3:111248`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B108,B112,B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801631.1

487 aa

244

487

PORR

PF11955 PORR 61-399 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801631.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	61	399	1.5e-97	327.2	Plant organelle RNA recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945648.1
GGCATAAATTTTCTCTTACTTAGTTATCAGTTACGATTTACGAATATCTTTTTATGTTTTTATTTCTTTATAAAGCTTGTTGACAGCAGATTTATCCTGAGCAAAACATCTCCTGGCTACCGATTTCTGGTTTGAAGCCCCCTTTCCTGCTTCAACGAGCTGAGTTTTGTTTTTAGGATATCATCTTGCTTTGATTTGCTCGGGTGCCTTTTCATCACTTGTAGTATAGTTGAATTCCATGCTGTTGTTAATTCCCAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016870
ATGGCTGCTCTACCATTTGCTCCACCCGTTTCTCCTCTATGGCAGCTCGATACACCTTCTTCTGTTTCCCTTGGATCCCATTTTCTGCCTAAACTTGGACTTAGTGTGAGAAGGAAGAAGAGATGCATCAAAAACCCTGTTGTTGCCACCACATGCTCTGCATCTCCACACAAAATAATCCGTGATCCCAGGTTAGACAAGCATGTGGTGAAGCAGAACAAGCTGCGGTTTGTTCAAAAGCTCAAGACTCTTCTTCTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801631.1
MAALPFAPPVSPLWQLDTPSSVSLGSHFLPKLGLSVRRKKRCIKNPVVATTCSASPHKIIRDPRLDKHVVKQNKLRFVQKLKTLLLSKPKHFMPIQVLYKCRAYLSLPTPRSVLAMIGRYPTIFELFSIPTPATPFHAAGPLSQLCVRLTPPAAALAKKESALKKSMAISLAAKLQKLLMLASPYHRLLLKKLVHLAPDLGLPVNFRSRLCNDYPEKFKVVETSYGRALELVSWDNSLAKALPWRDVDESLGLIVDRPLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器