Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000050

染色体: Chr03 坐标: 510914-514374 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000050
名称SmilChr03G000050
描述aspartic proteinase 36-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向510914 - 514374 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016877
GeneID131016877
locus_tag-
NCBI NameLOC131016877
原始查询LOC131016877

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartic proteinase 36-like
产物aspartic proteinase 36-like
ArabidopsisAT1G05840 (AT1G05840)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837094]
identity=49.7; qcov=0.968; evalue=3.34e-159; confidence=high
RiceOs02g0473200 (OsAP19)
-
identity=50.3; qcov=0.972; evalue=6.73e-157; confidence=high
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00026 (Asp); PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016877

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801642.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801642.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801642.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801642.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:511095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:511342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr3:512003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:512324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:512398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:512693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B33
Chr3:512712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,B42,B43,B78
Chr3:512750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C13
Chr3:512872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:512885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr3:512986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr3:513947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801642.1
470 aa
N
1
235
470
TAXi_N
Asp
TAXi_C
C
PF14543 TAXi_N 74-252 aa PF00026 Asp 74-418 aa PF14541 TAXi_C 270-418 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801642.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 74 252 1.4e-42 146.6 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057801642.1 Pfam PF00026 Asp Domain 74 418 1e-26 94.8 Eukaryotic aspartyl protease
XP_057801642.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 270 418 4.5e-19 69.5 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945659.1
TAACAGCAAAATACATCAACAGGAATGCGATGAGCAGAGACAGAGTAGTTAAACCCTTTCTTGTATGAAAAGGAACTTTTTTCTTTTTATCCATAGCCCGCCATCTCGTTTATTTCGTTTATTCCCTTTTTATTAAGCCCGCCTTCCACGTTTTATTTAGATTTTTATTCATCACCAACTCTTGTCTTCTTCCGAGATATCCATTCATTCATATAGGCTGTCTTTGGTTGTCTCAATATGTTTAAAGCTTCAAATCTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016877
ATGGATTGGGGGAAAATGCGGTTGGTTTTGTTGATTTCGGCAGAGTTGATATGTTGTGTGATGGGCCATTTTGTGTTTGAAGTTCAACACAAGTATGGCGGAGAGGGAGAGGCGGTCTTGGGAGCTATGAGAGTTCACGACTTGCAGCGCCATGGCAGGAACCTTGCTGCCATTGATTTTCAGCTAGGCGGTCACTATTCCCCCGCTTTACATTCGCTGTATTTCACCAATATCACTATCGGGACTCCTCCAGTCGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801642.1
MDWGKMRLVLLISAELICCVMGHFVFEVQHKYGGEGEAVLGAMRVHDLQRHGRNLAAIDFQLGGHYSPALHSLYFTNITIGTPPVDYHVQVDTGSDTLWVNCHDCETCPTKSEHGIEFKRYDLATSSTGKNITCDEEFCRAASSSPNTNCQAGRQCEYSVSYADGSRTGGYFVRDNLRFNQVTGNLQTSAMNGSIAFGCSMSEDPSKSVDGIVGFGRGNESILSQLASSGKARKVFSHCLDGNRGGGIFAIGEVVDPKVN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器