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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000310

染色体: Chr03 坐标: 3539980-3542995 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000310
名称SmilChr03G000310
描述uncharacterized SmilChr03G000310
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向3539980 - 3542995 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016882
GeneID131016882
locus_tag-
NCBI NameLOC131016882
原始查询LOC131016882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Piz; symbol=Piz; hit=Os06g0286700; species=rice; confidence=low
产物Piz; symbol=Piz; hit=Os06g0286700; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0286700 (Piz)
-
identity=26.8; qcov=0.426; evalue=3.6e-07; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801649.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801649.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057801649.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057801649.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801649.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:3540207 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 8 B109,C21,C32,C36,C67,C68,C81,C83
Chr3:3540209 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 10 A8,B100,B128,B134,B16,B70,B77,C15,C51,C79
Chr3:3540212 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 37 A14,B101,B105,B118,B129,B139,B28,B34,B37,B38,B40,B45,B48,B55,B59,B65,B67,B7,C1,C13,C14,C27,C30,C33,C34,C35,C47,C56,C64,C69,C70,C75,C77,C9,D1,D2,D3
Chr3:3540228 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B68,B98
Chr3:3540228 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B68,B98
Chr3:3540255 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 42 A13,A14,A9,B101,B118,B139,B14,B28,B31,B34,B38,B39,B45,B48,B55,B59,B7,B71,B81,B84,B88,C1,C13,C14,C2,C20,C27,C30,C32,C34,C37,C43,C54,C57,C63,C74,C80,C82,D1,D10,D3,D8
Chr3:3540257 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 61 A11,A19,A2,A21,A24,A9,B1,B104,B105,B112,B114,B120,B122,B13,B134,B135,B19,B22,B23,B24,B25,B30,B31,B41,B46,B52,B54,B63,B64,B67,B71,B77,B83,B86,B9,B90,B95,B97,C10,C18,C2,C22,C25,C26,C28,C31,C36,C41,C48,C5,C53,C6,C60,C61,C69,C72,C73,C77,C84,C9,D2
Chr3:3540260 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 26 A14,A9,B101,B118,B139,B28,B31,B34,B38,B45,B48,B55,B59,B7,C1,C13,C14,C27,C30,C34,C43,C74,C82,D1,D3,D8
Chr3:3540263 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 19 A13,B14,B39,B45,B71,B81,B84,B88,C2,C20,C32,C37,C54,C57,C63,C74,C80,D10,D8
Chr3:3540271 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 10 B125,B31,B42,B45,B69,B76,B89,C36,C68,C83
Chr3:3540279 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 14 A1,A9,B101,B71,C11,C2,C32,C43,C48,C55,C60,C61,C80,C84
Chr3:3540282 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A20,A21,B87,C12,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945666.1
GCTAAATTAAGATTCTATCAAATTCTTGTCCAAAATTCTCATAATTATACTCTCTTTCCCTTCAACTGATATCGATCATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCGATTTCTCTCAACAAACAACAAGTTCAATCGCTCACTGAAATTATCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTAATAACTCCCCTGTTTCCGACGAACCAGATCCCTTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016882
ATGGCGGCCTACGCAGCCTTGGTTTCTCTAATGCATATCATAGACGACCTCGAGCGCCACCATTCCCCTCCGATTTCTCTCAACAAACAACAAGTTCAATCGCTCACTGAAATTATCACGTTCTTGCAGGAGTTTCTCGAAGCTAATAACTCCCCTGTTTCCGACGAACCAGATCCCTTGGAGATGCGTATTGCAGATGCAGCTTATGCAGCTGAAGACGCCATCGAATCTCATATCGTGGCCAAGATTCAGCTGAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801649.1
MAAYAALVSLMHIIDDLERHHSPPISLNKQQVQSLTEIITFLQEFLEANNSPVSDEPDPLEMRIADAAYAAEDAIESHIVAKIQLSRSREAYNSPVSDEADPEDPKTVSSNHDDDDDEEMNLFQDVQNVIQEMDQIKSLAMQRNTEKMVLHDKRRSFVSASSSTGKNSSGMVVWSEGVVNGILEMLVSDQRQRQVIPITGMGGIEPSSDDVVVMENLLVLEGIANFKCSEEVVKRIPNIKKLGIVYIGRGGIEQDDYYCL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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