当前解析结果
SmilChr03G000399| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000399 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000399 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 4365807 - 4367368 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016899 |
|---|---|
| GeneID | 131016899 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016899 |
| 原始查询 | LOC131016899 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase LIP-4-like |
| Arabidopsis | AT1G56670 (AT1G56670)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122] identity=41.9; qcov=1.02; evalue=2.43e-100; confidence=medium |
| Rice | Os01g0329900 (OsGELP14)- identity=42; qcov=0.911; evalue=1.48e-88; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016899 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057801683.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801683.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801683.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801683.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801683.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:4365973 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 11 | B111,B128,B138,B36,C26,C30,C35,C5,C7,C70,C75 |
Chr3:4366036 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B106,B121,B31,B61,B72,B86,C29,C69,C80 |
Chr3:4366038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B18,B2,C12,C37,C50 |
Chr3:4366071 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:4366244 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr3:4366327 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B67,C4,C46 |
Chr3:4366328 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C50,D11 |
Chr3:4366334 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A25,B11 |
Chr3:4366350 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:4366897 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,C63,C66 |
Chr3:4366912 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B30 |
Chr3:4366912 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801683.1PF00657
Lipase_GDSL 58-352 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801683.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 58 | 352 | 7.5e-39 | 134.8 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。