Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000401`

染色体: Chr03 坐标: 4377832-4386068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000401`
名称	SmilChr03G000401
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	4377832 - 4386068 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016935`
GeneID	`131016935`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016935`
原始查询	`LOC131016935`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=32.7; qcov=0.399; evalue=2.3e-09; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801727.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801727.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801727.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801727.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801727.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:4383990`	`TC`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B10,C33
`Chr3:4383995`	`AG`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B10,C33
`Chr3:4384021`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B110
`Chr3:4384021`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B110
`Chr3:4384039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B28,C62
`Chr3:4384051`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A6,B26,B43
`Chr3:4384051`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A6,B26,B43
`Chr3:4384471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B79
`Chr3:4384500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,C16,C68
`Chr3:4384508`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C87
`Chr3:4384574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	B120,B134,B25,B58,B63,B83,C30,C50,C57,C8,C82,D8
`Chr3:4384583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B74,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009099266.1
ACAGTTTGTAGTTTGAGGGCTTACCTACCTGACTGGAGAGCGACATATAGAGCCCTAGACGGTTGACGGCTAGAGGGCGAGACAGCAGATGGGAACGGCAGCGATTCGTAGCCGGCCGGAGGTGCGAACGGCGTCGACGTGAGCAGGTGCGCGCTGATTGATCAATATGTAGTTTCGCCAGAATTAGATTATAAACCAAAATCACAAACTTGAAGCTTGGTTGGCGGCGAGAGGGCGAGATAGCGGATGGGAACGGCAGC...

XR_009099267.1
AGTTTGTAGTTTGAGGGCTTACCTACCTGACTGGAGAGCGACATATAGAGCCCTAGACGGTTGACGGCTAGAGGGCGAGACAGCAGATGGGAACGGCAGCGATTCGTAGCCGGCCGGAGGTGCGAACGGCGTCGACGTGAGCAGCTTGGTTGGCGGCGAGAGGGCGAGATAGCGGATGGGAACGGCAGCGATTCGTTGGCCGGCCGGAGGTGCGAACGGCGTCGACGTGAGCAGCATGATCGAGCTGGATAGTCGATTCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016935
ATGCCGCAACTAAGGCATCTCATTATCCTCGGTTATTCTAGTTGTTACTTAACTCATCCCAATAGTGCTCCTTTTGCTCTAAACAATCTGCAAACACTAGGGAAAGTGAGAGATCTCGATTGTTCATTAAGTCTCCTCCACATGATTCCCAACCTTAGGAAGCTGTCCATCTCTTATTCGTGGGGATCGGGAGAATCACTCTTCCATAATCTTGTACATCTCCATCAACTTGAAAATTTGAAGCTGGAAAAGGAGAGCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057801727.1
MPQLRHLIILGYSSCYLTHPNSAPFALNNLQTLGKVRDLDCSLSLLHMIPNLRKLSISYSWGSGESLFHNLVHLHQLENLKLEKESYRCKSGVHDLLLPTSLKKLALIGWGFHDPYLKISGPLPNLQVLKLRKFNFVQQEWVTSDTDFPKLRFLLIDRSDLKQWNSEGSHFPLLEHLLIHSCRNLSEIPDSMGEIPTLKLIEVKDCENSVAESVKLIQEEQQSYGDDVFQVRCIGCKPTQKPLPPPPPAIKRPVSARWNI...

XP_057801728.1
MPQLRHLIILGYSSCYLTHPNSAPFALNNLQTLGKVRDLDCSLSLLHMIPNLRKLSISYSWGSGESLFHNLVHLHQLENLKLEKESYRCKSGVHDLLLPTSLKKLALIGWGFHDPYLKISGPLPNLQVLKLRKFNFVQQEWVTSDTDFPKLRFLLIDRSDLKQWNSEGSHFPLLEHLLIHSCRNLSEIPDSMGEIPTLKLIEVKDCENSVAESVKLIQEEQQSYGDDVFQVRCIGCKPTQKPLPPPPPAIKRPVSARWNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器