Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000030`

染色体: Chr03 坐标: 378155-379450 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000030`
名称	SmilChr03G000030
描述	isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase I-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	378155 - 379450 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016941`
GeneID	`131016941`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016941`
原始查询	`LOC131016941`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase I-like
产物	isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase I-like
Arabidopsis	`AT5G16440` (IPP1) isopentenyl diphosphate isomerase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831505] identity=75; qcov=0.952; evalue=3.9e-146; confidence=high
Rice	`Os07g0546000` (IPI) - identity=82.6; qcov=0.855; evalue=1.31e-145; confidence=high
GO	GO:0004452 (isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008299 (isoprenoid biosynthetic process); GO:0009240 (isopentenyl diphosphate biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00293 (NUDIX)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057801735.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057801735.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057801735.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801735.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801735.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:378366`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	B130,B132,B140,B20,B68,B83,B9,B90,C26
`Chr3:378423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,C22,C43,C55,C87
`Chr3:378471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr3:378618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,C22,C43,C55,C87
`Chr3:378630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B78
`Chr3:378634`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,C55,C79
`Chr3:378641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr3:378723`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A21,B112,C54,C72,D2
`Chr3:378723`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A21,B112,C54,C72,D2
`Chr3:378778`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,C30,C76
`Chr3:378792`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B29
`Chr3:378792`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801735.1

269 aa

134

269

NUDIX

PF00293 NUDIX 87-223 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801735.1`	Pfam	`PF00293`	NUDIX	Domain	87	223	1.6e-16	61.2	NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945752.1
AGCCGACGATTGAATGGCATTAAATCACGAATTTATTGCGATAATCTGATTTGTGTAACACATCAAATTTAGTACTATAGTTGGGCAAGATTTTGACAATTGCTGCAGCTTAGGCTAAAGCTAGAACTCTAATCCACACCAAACAAATGTATGCTATATAATCACATTGATTAAGAGCTAAATAATACAAGAAAGATGTCATTCTCCTCCTCCACCTTGATCACTACCAATGCCATCCGCCTCCGGAATTCGTCGCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016941
ATGTCATTCTCCTCCTCCACCTTGATCACTACCAATGCCATCCGCCTCCGGAATTCGTCGCCGCCCTCGTCTCGCTCACATCTCCCTATCAAATCTCTCCCTCTCCGCCGCCAAGTCTGCTCCTCCGCCATGGATGCTGTTCAAAGACGTCTCATGTTTGAAGACGAGTGCATTTTGGTCGATGAGAACGACGCCGTCGTCGGCCACGACACCAAATACAACTGCCACCTGATGGAAAAGATCGATTCCGAAAATCTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801735.1
MSFSSSTLITTNAIRLRNSSPPSSRSHLPIKSLPLRRQVCSSAMDAVQRRLMFEDECILVDENDAVVGHDTKYNCHLMEKIDSENLLHRAFSVFLFNSKNELLLQQRSASKVTFPLVWTNTCCSHPLHTESELVEDDGLGVKNAAQRKLLDELGIPADDVPLDHFLPLGRMLYKAPSDGKWGEHELDYLLFIVRDVRLEPNPDEVADVKYVSREQLQELLRKADAGEDGLKLSPWFRLVVDNFLFEWWDHVDAGTLAQAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器