当前解析结果
SmilChr03G000056| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000056 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000056 |
| 描述 | protein TIC 20-II, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 532326 - 533356 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016948 |
|---|---|
| GeneID | 131016948 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016948 |
| 原始查询 | LOC131016948 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TIC 20-II, chloroplastic-like |
| 产物 | protein TIC 20-II%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT2G47840 (Tic20-II)putative conserved protein ycf60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819396] identity=51.3; qcov=0.825; evalue=2.5e-46; confidence=medium |
| Rice | Os02g0726600- identity=38.1; qcov=0.607; evalue=2.5e-11; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF16166 (TIC20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016948 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057801763.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057801763.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.80000 | XP_057801763.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.40000 | XP_057801763.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801763.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:532514 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B131,B140,D3 |
Chr3:532564 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B54,B99,C58 |
Chr3:532564 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B54,B99,C58 |
Chr3:532607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B126 |
Chr3:532645 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:532666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr3:532688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr3:532689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr3:532806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr3:532878 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr3:532892 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr3:532992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B42,B43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801763.1PF16166
TIC20 62-200 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801763.1 |
Pfam | PF16166 |
TIC20 | Family | 62 | 200 | 6.8e-20 | 72.3 | Chloroplast import apparatus Tic20-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。