Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000056

染色体: Chr03 坐标: 532326-533356 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000056
名称SmilChr03G000056
描述protein TIC 20-II, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向532326 - 533356 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016948
GeneID131016948
locus_tag-
NCBI NameLOC131016948
原始查询LOC131016948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TIC 20-II, chloroplastic-like
产物protein TIC 20-II%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G47840 (Tic20-II)
putative conserved protein ycf60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819396]
identity=51.3; qcov=0.825; evalue=2.5e-46; confidence=medium
RiceOs02g0726600
-
identity=38.1; qcov=0.607; evalue=2.5e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF16166 (TIC20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057801763.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057801763.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057801763.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057801763.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801763.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:532514 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B131,B140,D3
Chr3:532564 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B54,B99,C58
Chr3:532564 CA C 1bp_deletion CDS_variant 3 B54,B99,C58
Chr3:532607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr3:532645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:532666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr3:532688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr3:532689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr3:532806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr3:532878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr3:532892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr3:532992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801763.1
229 aa
N
1
114
229
TIC20
C
PF16166 TIC20 62-200 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801763.1 Pfam PF16166 TIC20 Family 62 200 6.8e-20 72.3 Chloroplast import apparatus Tic20-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945780.1
ATTCACTGCATTGTTAAGTAAAAAGGAACGGTGCATATTGGTTTACTCGATTATGCATGAAACCATAGGCTGCTCCTCTCTGACTCAAAAAGCATGCATTTTCATTTCCAGAGAGGGAGAGAGAGGAGAGTTGAAGACATGATGCAATTTTCATGTCCAACATTTCAATTGAAATCCCCAATTCAAAAAACCCTAAAAATCCAATCATGGCTTCCATTGCCCTCCGCCTCTCCCTCCCCAATCACTCCGCCGTCCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016948
ATGTCCAACATTTCAATTGAAATCCCCAATTCAAAAAACCCTAAAAATCCAATCATGGCTTCCATTGCCCTCCGCCTCTCCCTCCCCAATCACTCCGCCGTCCGCCTCCCTCATCCACCTCCCCAGTTCCGCCCCAAACCAACCACGACGAGGTGCTCCTACACTCCTACACCGGCGACGGAACGCCTAATCTCCGCCGCGTCCTACCTCATCCCCTTCTTCAACGGCCTCCACTACGGCCGGTTTCTGGTCGCCAAGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801763.1
MSNISIEIPNSKNPKNPIMASIALRLSLPNHSAVRLPHPPPQFRPKPTTTRCSYTPTPATERLISAASYLIPFFNGLHYGRFLVAKYPPLAAPFEPLIRLLSRYHSVPCASFVAFLIYPCVFRNPSFSLYARSNALQALVLDLLLVLLQRITAPGWTGTGIGFNLTAWLYSGLLLFVVAGFVSSVVGNNPYLYSPIVAQPAGRRPPARIISLFCLSFFFFILFPTPKAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器