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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000205

染色体: Chr03 坐标: 2361884-2363159 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000205
名称SmilChr03G000205
描述disease susceptibility protein LOV1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向2361884 - 2363159 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016952
GeneID131016952
locus_tag-
NCBI NameLOC131016952
原始查询LOC131016952

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease susceptibility protein LOV1-like
产物disease susceptibility protein LOV1-like
ArabidopsisAT3G50950 (ZAR1)
HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824259]
identity=27.8; qcov=1; evalue=3.5e-12; confidence=low
RiceOs11g0686500
-
identity=40; qcov=0.521; evalue=1.18e-14; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016952

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801773.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801773.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801773.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801773.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801773.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:2362034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,C30,C71
Chr3:2362039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B5,B57,B85,C46
Chr3:2362048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr3:2362051 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B108,C23
Chr3:2362051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr3:2362052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B11,B20,C33
Chr3:2362085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B92,C13
Chr3:2362099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,C85,D11,D8
Chr3:2362100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B113,B55,C7,D3
Chr3:2362104 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 7 A15,B39,B56,B80,B91,C56,D6
Chr3:2362111 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A13,A8,B108,B131,B30,B31,B48,B61,B72,C23,C26,C36,C42,C62,D6
Chr3:2362114 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A13,A8,B135,B2,B36,B7,B83,B88,C12,C22,C37,C39,C59,C63,C64,C66,C74,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801773.1
211 aa
N
1
106
211
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 158-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801773.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 158 210 2.1e-12 47.7 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945790.1
TATATAACTTATGTATTGCAAACTGGGGCTATAAAACTTATGTTATTTTAAAATAGGGTCTTTCAGCCATTCTTCCAGCTCAGTTTATCTTTATCTGCAAAAATCTAGTAGCAAAAACTTAACTGTGATCACCAAAGATGGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTCGCCCGAACCACTGCAGAAATAATCTTGGATCAAGATAGATATTCCATTTCTCGTAATAAAAAACAACAAATTCGATCTATCTATGAACCATTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016952
ATGGCTTATGCTGCTCTTCTTTCCCTCGCCCGAACCACTGCAGAAATAATCTTGGATCAAGATAGATATTCCATTTCTCGTAATAAAAAACAACAAATTCGATCTATCTATGAACCATTTATTTTCTTGCAAGAGTTTCTTGAAGATTTTCCCGAAAAAGCCAACATCTTAGATGGGCGAATTAGAGATTTAGCATATGAAGCAGAACATATTATTGAGTCTTTCATATTGGACGAAGCTCCATCACATTGGTGGAACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801773.1
MAYAALLSLARTTAEIILDQDRYSISRNKKQQIRSIYEPFIFLQEFLEDFPEKANILDGRIRDLAYEAEHIIESFILDEAPSHWWNVLAAKSKLKLLQIRKIRKETDSITREVMIIKNNSAVAVQLGASSSAAAGSPSRSAPIIKIGYMVGLHEDLLAIKSRLCGESPNLEVIPIVGMGGIGKTTLAKCVYDDPLTVQRFDIRVWVTVSQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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