当前解析结果
SmilChr03G000205| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000205 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000205 |
| 描述 | disease susceptibility protein LOV1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 2361884 - 2363159 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016952 |
|---|---|
| GeneID | 131016952 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016952 |
| 原始查询 | LOC131016952 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | disease susceptibility protein LOV1-like |
| 产物 | disease susceptibility protein LOV1-like |
| Arabidopsis | AT3G50950 (ZAR1)HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824259] identity=27.8; qcov=1; evalue=3.5e-12; confidence=low |
| Rice | Os11g0686500- identity=40; qcov=0.521; evalue=1.18e-14; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016952 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057801773.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801773.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801773.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801773.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801773.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:2362034 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C12,C30,C71 |
Chr3:2362039 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B5,B57,B85,C46 |
Chr3:2362048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr3:2362051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B108,C23 |
Chr3:2362051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C23 |
Chr3:2362052 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B11,B20,C33 |
Chr3:2362085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B29,B92,C13 |
Chr3:2362099 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,C85,D11,D8 |
Chr3:2362100 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B113,B55,C7,D3 |
Chr3:2362104 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A15,B39,B56,B80,B91,C56,D6 |
Chr3:2362111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 15 | A13,A8,B108,B131,B30,B31,B48,B61,B72,C23,C26,C36,C42,C62,D6 |
Chr3:2362114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A13,A8,B135,B2,B36,B7,B83,B88,C12,C22,C37,C39,C59,C63,C64,C66,C74,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801773.1PF00931
NB-ARC 158-210 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801773.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 158 | 210 | 2.1e-12 | 47.7 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。