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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000182

染色体: Chr03 坐标: 1945526-1946420 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000182
名称SmilChr03G000182
描述uncharacterized SmilChr03G000182
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向1945526 - 1946420 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016959
GeneID131016959
locus_tag-
NCBI NameLOC131016959
原始查询LOC131016959

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831485]; symbol=AT5G16250; hit=AT5G16250; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831485]; symbol=AT5G16250; hit=AT5G16250; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G16250 (AT5G16250)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831485]
identity=65.1; qcov=1; evalue=3.56e-76; confidence=high
RiceOs04g0496300
-
identity=55.9; qcov=1.03; evalue=9.08e-61; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057801785.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057801785.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057801785.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801785.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801785.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:1945734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,B92
Chr3:1945866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C16
Chr3:1945890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr3:1945905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:1945918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B54,C69
Chr3:1945929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:1946070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr3:1946096 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr3:1946096 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr3:1946109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B117,B33,B78
Chr3:1946123 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B133
Chr3:1946123 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B133

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945802.1
TCTTCTTCCATCAACGGTCATATTCCCGTTGCACCTGAAATCCTCACTCTGTGTGTATCTATCTGTATATATACGTCTCCTCCTCCCTCTCACATCCCCATCAGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAACTCTCTCTTTCTCCCTCTCTTAAACAATCTCAATCAATCAGAAATGGGCGGACTATCAATCGACACCTCCGGCGACTGCTCCCACCCGCACACGCACAAGGTGTTCCTCCTGAGCAACTACATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016959
ATGGGCGGACTATCAATCGACACCTCCGGCGACTGCTCCCACCCGCACACGCACAAGGTGTTCCTCCTGAGCAACTACATCCTCCTCGGCGGCGCCTCCAGTTGCATCTTCCTCACCCTCTCCCTCCGCCTCTTCCCCTCCCTCATCGGCTTCCTCTTCATCCTCCTCCACGTCATCACCATCGCCGGCGCCGTCTCCGGCTGCGCCGCCGCCGCCCGCGCCCCCTCGTCCGCCGGCAAGTTCTACGGCGCGCACATGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801785.1
MGGLSIDTSGDCSHPHTHKVFLLSNYILLGGASSCIFLTLSLRLFPSLIGFLFILLHVITIAGAVSGCAAAARAPSSAGKFYGAHMVATVLTAIFQGSASVLIFTRPSDFLGHLKSYVREEDGVVILKLAGGLCVLIFCLEWVVLTLAFFLNYYAYVERKGINGGYAAGRSGKVQDDEDLKSWPWPFQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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