Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000027`

染色体: Chr03 坐标: 372725-375076 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000027`
名称	SmilChr03G000027
描述	putative gamma-glutamylcyclotransferase At3g02910
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	372725 - 375076 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016963`
GeneID	`131016963`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016963`
原始查询	`LOC131016963`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative gamma-glutamylcyclotransferase At3g02910
产物	putative gamma-glutamylcyclotransferase At3g02910
Arabidopsis	`AT5G46720` (AT5G46720) AIG2-like (avirulence induced family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834715] identity=57.3; qcov=0.941; evalue=7.02e-48; confidence=medium
Rice	`Os03g0854000` - identity=58; qcov=0.862; evalue=6.64e-49; confidence=medium
GO	GO:0061929 (gamma-glutamylaminecyclotransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF06094 (GGACT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057801789.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057801789.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057801789.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801789.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801789.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:374662`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B125,C25,C32,C52,C68
`Chr3:374662`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B125,C25,C32,C52,C68
`Chr3:374756`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,C84
`Chr3:374798`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B123
`Chr3:374798`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B123
`Chr3:374834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B83,B91
`Chr3:374870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B19,B21,B90,C55
`Chr3:374883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B78
`Chr3:374888`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A23,B130,B136,B43,B89,C24,C45
`Chr3:374909`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr3:374943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,C41,C84
`Chr3:374954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B74,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801789.1

173 aa

173

GGACT

PF06094 GGACT 9-118 aa

XP_057801790.1

152 aa

152

GGACT

PF06094 GGACT 9-118 aa

XP_057801791.1

152 aa

152

GGACT

PF06094 GGACT 9-118 aa

XP_057801792.1

152 aa

152

GGACT

PF06094 GGACT 9-118 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801789.1`	Pfam	`PF06094`	GGACT	Family	9	118	2e-20	74.2	Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like
`XP_057801790.1`	Pfam	`PF06094`	GGACT	Family	9	118	1.5e-20	74.7	Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like
`XP_057801791.1`	Pfam	`PF06094`	GGACT	Family	9	118	1.5e-20	74.7	Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like
`XP_057801792.1`	Pfam	`PF06094`	GGACT	Family	9	118	1.5e-20	74.7	Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945809.1
ATGGCGGGTGGAGGAGATGACCTTATCTTCGTCTACGGCACGCTCAAGCGGGGTTTCTACAACCACTATCTGCTCGAAGACCTAATCCGAGCGGGCGCCGCCGCCTACCTCGGCCCCTGCACCACCGTGGAAGCTTATCCACTGGTGTGCGGGCCCTACGGCATCCCCTACTTAGTCAATCTGCCCGGGTCGGGTCAGCGGATCCGGGGAGAGCTCTACTCCGTGTCGTCGGTGCATGGCCTCGCCCGCCTCGATGAGCT...

XM_057945807.1
ATGGCGGGTGGAGGAGATGACCTTATCTTCGTCTACGGCACGCTCAAGCGGGGTTTCTACAACCACTATCTGCTCGAAGACCTAATCCGAGCGGGCGCCGCCGCCTACCTCGGCCCCTGCACCACCGTGGAAGCTTATCCACTGGTGTGCGGGCCCTACGGCATCCCCTACTTAGTCAATCTGCCCGGGTCGGGTCAGCGGATCCGGGGAGAGCTCTACTCCGTGTCGTCGGTGCATGGCCTCGCCCGCCTCGATGAGCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131016963
ATGGCGGGTGGAGGAGATGACCTTATCTTCGTCTACGGCACGCTCAAGCGGGGTTTCTACAACCACTATCTGCTCGAAGACCTAATCCGAGCGGGCGCCGCCGCCTACCTCGGCCCCTGCACCACCGTGGAAGCTTATCCACTGGTGTGCGGGCCCTACGGCATCCCCTACTTAGTCAATCTGCCCGGGTCGGGTCAGCGGATCCGGGGAGAGCTCTACTCCGTGTCGTCGGTGCATGGCCTCGCCCGCCTCGATGAGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057801789.1
MAGGGDDLIFVYGTLKRGFYNHYLLEDLIRAGAAAYLGPCTTVEAYPLVCGPYGIPYLVNLPGSGQRIRGELYSVSSVHGLARLDELEGVDRGHYERLPVAVAAEGGGQDAEAYFAHRDFGEKLWKRCGEVGLSEFNVELGKRYVRREDRPIDYCFIDDIHKFILEGDSSLSS

XP_057801790.1
MAGGGDDLIFVYGTLKRGFYNHYLLEDLIRAGAAAYLGPCTTVEAYPLVCGPYGIPYLVNLPGSGQRIRGELYSVSSVHGLARLDELEGVDRGHYERLPVAVAAEGGGQDAEAYFAHRDFGEKLWKRCGEVGLSEFNVELGKSLCFDGKLQF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器