当前解析结果
SmilChr03G000338| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000338 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000338 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000338 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 3839141 - 3842255 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016965 |
|---|---|
| GeneID | 131016965 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016965 |
| 原始查询 | LOC131016965 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016965 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057801797.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057801797.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801797.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801797.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057801797.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:3839323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr3:3839345 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B38,B99,C19 |
Chr3:3839345 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B38,B99,C19 |
Chr3:3839406 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A15,A22,B104,B128,B19,B33,B58,B61,B62,B65,B76,B94,C29,C45,C47,C58,C61,C82,D11,D5 |
Chr3:3839765 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B7,B78,B80 |
Chr3:3839775 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 93 | A18,A19,A3,A4,A5,A7,A9,B104,B106,B107,B108,B11,B112,B114,B117,B119,B126,B127,B134,B135,B137,B16,B2,B20,B27,B29,B37,B40,B43,B45,B46,B47,B49,B50,B52,B59,B63,B64,B66,B69,B71,B83,B87,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B97,B98,B99,C11,C12,C17,C18,C21,C29,C32,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C48,C50,C51,C53,C56,C57,C60,C67,C68,C71,C73,C75,C77,C78,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D3,D4,D6,D8,D9 |
Chr3:3839778 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr3:3839787 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 93 | A18,A19,A3,A4,A5,A7,A9,B104,B106,B107,B108,B11,B112,B114,B117,B119,B126,B127,B134,B135,B137,B16,B2,B20,B27,B29,B32,B37,B40,B43,B45,B46,B47,B49,B50,B52,B59,B63,B64,B66,B69,B71,B83,B87,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B97,B98,B99,C11,C12,C17,C18,C21,C29,C32,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C48,C50,C51,C56,C57,C60,C67,C68,C71,C73,C75,C77,C78,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D3,D4,D6,D8,D9 |
Chr3:3839792 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 86 | A18,A19,A4,A5,A7,A9,B104,B106,B107,B108,B11,B112,B114,B119,B127,B134,B135,B137,B16,B2,B20,B27,B29,B32,B37,B40,B43,B45,B46,B47,B50,B52,B59,B63,B64,B66,B69,B71,B83,B87,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B97,B98,B99,C11,C12,C17,C18,C21,C29,C32,C35,C36,C37,C38,C4,C40,C48,C50,C51,C56,C57,C60,C68,C73,C75,C77,C78,C80,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D3,D4,D6,D8,D9 |
Chr3:3839819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B16,B32,B69,C73 |
Chr3:3839819 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B32,B69,C73 |
Chr3:3839840 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 47 | A19,A3,A5,B11,B114,B134,B135,B137,B16,B2,B27,B32,B40,B45,B46,B47,B50,B63,B83,B89,B9,B90,B92,B94,B95,B96,B97,B99,C11,C12,C17,C35,C37,C38,C50,C60,C73,C75,C77,C83,C84,C87,D1,D10,D4,D6,D9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
17 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。