当前解析结果
SmilChr03G000283| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000283 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000283 |
| 描述 | ABC transporter B family member 12-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 3217644 - 3218419 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016985 |
|---|---|
| GeneID | 131016985 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016985 |
| 原始查询 | LOC131016985 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ABC transporter B family member 12-like |
| 产物 | ABC transporter B family member 12-like |
| Arabidopsis | AT3G62150 (ABCB21)P-glycoprotein 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825388] identity=70.7; qcov=0.917; evalue=3.95e-45; confidence=medium |
| Rice | Os05g0137200 (OsABCB17)- identity=68.5; qcov=0.824; evalue=4.22e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00664 (ABC_membrane) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016985 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057801827.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057801827.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057801827.1 |
| 4 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057801827.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801827.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:3217987 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,D10 |
Chr3:3217995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B129,C53,C54 |
Chr3:3218104 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr3:3218104 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr3:3218109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B80 |
Chr3:3218149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B79,C53 |
Chr3:3218167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C71 |
Chr3:3218228 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr3:3218358 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,B104,B119 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801827.1PF00664
ABC_membrane 2-97 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801827.1 |
Pfam | PF00664 |
ABC_membrane | Family | 2 | 97 | 1.4e-15 | 58.5 | ABC transporter transmembrane region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。