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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000484

染色体: Chr01 坐标: 9918819-9919442 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000484
名称SmilChr01G000484
描述uncharacterized SmilChr01G000484
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向9918819 - 9919442 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017083
GeneID131017083
locus_tag-
NCBI NameLOC131017083
原始查询LOC131017083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=38.1; qcov=0.647; evalue=3.45e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057801847.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801847.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801847.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801847.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801847.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:9918844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:9918857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B19,B27,C56,C60
Chr1:9918858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C60
Chr1:9918859 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B53,B63,C61
Chr1:9918867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B29,D10,D2,D7
Chr1:9918916 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 18 A18,A19,B103,B110,B124,B16,B6,B75,B8,B88,C22,C3,C50,C53,C67,C78,D11,D8
Chr1:9918990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B16
Chr1:9918996 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 8 B110,B124,B16,B6,B8,B88,C22,C67
Chr1:9919001 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 5 B119,B62,C66,C7,C71
Chr1:9919001 C CGA 2bp_insertion CDS_variant 5 B119,B62,C66,C7,C71
Chr1:9919002 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B119,B62,C66,C7,C71
Chr1:9919002 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 B119,B62,C66,C7,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945864.1
ATGGAGCCGAGTATTTCTTTCGGGCCGGAGGATCACTCCGGGCTGGTCCACCCGCACGATGATGCCTTACTTTTCTCTGCTGATGTGGCGAATTGCACTTTGTGCCGCATATTTGTAGATTCGGGAAGTTCCGTGAACATAATCTATAAAGATTGTTTGATAGTCATGGCCCTAGACGCCACCCTGAAATTGCCAGGCAACCCATTATATGGTATTACTGGAGAATCTATTTTACCACTGGGATCTCTGGAGCTGCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017083
ATGGAGCCGAGTATTTCTTTCGGGCCGGAGGATCACTCCGGGCTGGTCCACCCGCACGATGATGCCTTACTTTTCTCTGCTGATGTGGCGAATTGCACTTTGTGCCGCATATTTGTAGATTCGGGAAGTTCCGTGAACATAATCTATAAAGATTGTTTGATAGTCATGGCCCTAGACGCCACCCTGAAATTGCCAGGCAACCCATTATATGGTATTACTGGAGAATCTATTTTACCACTGGGATCTCTGGAGCTGCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801847.1
MEPSISFGPEDHSGLVHPHDDALLFSADVANCTLCRIFVDSGSSVNIIYKDCLIVMALDATLKLPGNPLYGITGESILPLGSLELPMTWGKEGTSRTRILKFLVVDFPKLSYNIITGRPALNAFQAVISMYHLKMKFLLEGGRVGEVVGNQVTSKECFVKSLTAQAGSKRTQGSQGGPTEKIARAGGGSGNTAKQTEIEEIGRSLEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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