当前解析结果
SmilChr03G000523| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000523 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000523 |
| 描述 | disease resistance protein RPP13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 5620495 - 5621866 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017190 |
|---|---|
| GeneID | 131017190 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017190 |
| 原始查询 | LOC131017190 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | disease resistance protein RPP13-like |
| 产物 | disease resistance protein RPP13-like |
| Arabidopsis | AT3G46530 (RPP13)NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=35.2; qcov=0.972; evalue=1.47e-26; confidence=medium |
| Rice | Os10g0358200- identity=29.6; qcov=0.954; evalue=6.69e-18; confidence=low |
| GO | GO:0043531 (ADP binding); GO:0050832 (defense response to fungus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00931 (NB-ARC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017190 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057801909.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057801909.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801909.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801909.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801909.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:5620891 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B138 |
Chr3:5620891 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr3:5620916 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B89,C51 |
Chr3:5620921 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B53,C58 |
Chr3:5620944 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr3:5620945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr3:5620954 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B18,B23,B57,C13,C5 |
Chr3:5620955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr3:5621015 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B74,B89,C79 |
Chr3:5621025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B74,B89,C79 |
Chr3:5621063 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,B74,B89,C79 |
Chr3:5621077 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801909.1PF00931
NB-ARC 64-214 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801909.1 |
Pfam | PF00931 |
NB-ARC | Domain | 64 | 214 | 5.7e-26 | 91.8 | NB-ARC domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。