Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000353`

染色体: Chr01 坐标: 7326357-7332629 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000353`
名称	SmilChr01G000353
描述	signal peptide peptidase 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	7326357 - 7332629 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017230`
GeneID	`131017230`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017230`
原始查询	`LOC131017230`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	signal peptide peptidase 1
产物	signal peptide peptidase 1
Arabidopsis	`AT2G03120` (SPP) signal peptide peptidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814841] identity=80.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0117400` (SPP1) - identity=81.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006465 (GO:0006465); GO:0016020 (membrane); GO:0033619 (membrane protein proteolysis); GO:0042500 (aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving); GO:0098553 (lumenal side of endoplasmic reticulum membrane); GO:0098554 (cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane)
KEGG	-
Pfam	PF04258 (Peptidase_A22B)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057801945.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057801945.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801945.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801945.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801945.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:7328813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr1:7331316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C32
`Chr1:7331316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr1:7331515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C45
`Chr1:7332456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801945.1

342 aa

171

342

Peptidase_A22B

PF04258 Peptidase_A22B 51-323 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801945.1`	Pfam	`PF04258`	Peptidase_A22B	Family	51	323	1.3e-88	298.1	Signal peptide peptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945962.1
ATGAATGTCATAATTATAAATAATGAAATACCCATGTAGCTACTGTTGGCCTTGGTATGCTCACATTTCATCCTTGAAATCAATAAAAGCACAAATTTTCATCCTGAAAGGAAAATAAAAATCCCGATAAGAGAGTTTGCAACTAAAATAAAAGGAGAAGAAGAGCGAAAACAACATCAAATTCAAATTGCAATACAAAATAGGGCGAGAAGCATCAACCACCAATAGATTGAATGCTCAGGCTGAAGAGAATATACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017230
ATGAAGAACTATGATGAGCGTCTTGCTAATTTGGCTCTGGCAGGTTTGACCCTTGCCCCACTTGTTGTGAAGGTAGACCCAAACTTAAATGTCATTTTGACAGCTTGTCTAACTGTCTATGTGGGATGTTATCGCTCTGTTAAGCCTACTCCACCATCAGAAACGATGTCCAACGAACATGCCATGAGGTTTCCATTGGTTGGGAGTGCAATGTTGCTGTCACTGTTTTTACTTTTCAAATTCCTATCGAAAGACTTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801945.1
MKNYDERLANLALAGLTLAPLVVKVDPNLNVILTACLTVYVGCYRSVKPTPPSETMSNEHAMRFPLVGSAMLLSLFLLFKFLSKDLVNAVLTCYFFVLGIGALAATLLPEIKGFMPRPWNDNVITWHFPYFRSLEVEFTKSQLIAAIPGAFFCVWYAKQKHWLANNILGLAFSIQGIEMLSLGSFKTGAILLAGLFVYDIFWVFFTPVMVSVAKSFDAPIKLLFPTSDSAHPFSMLGLGDIVIPGIFVALALRFDVSRGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器