Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000574`

染色体: Chr03 坐标: 6240938-6243384 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000574`
名称	SmilChr03G000574
描述	pectin acetylesterase 11-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	6240938 - 6243384 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017234`
GeneID	`131017234`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017234`
原始查询	`LOC131017234`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pectin acetylesterase 11-like
产物	pectin acetylesterase 11-like
Arabidopsis	`AT5G45280` (AT5G45280) Pectinacetylesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834564] identity=41.3; qcov=1; evalue=8.14e-47; confidence=medium
Rice	`Os01g0892500` - identity=44; qcov=0.871; evalue=7.4e-48; confidence=medium
GO	GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0052793 (pectin acetylesterase activity); GO:0071555 (cell wall organization)
KEGG	-
Pfam	PF03283 (PAE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017234

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057801944.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801944.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801944.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801944.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801944.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:6241018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr3:6241030`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	B55,B56,B62,B83,B85,B94,B96,C53,C59,C62
`Chr3:6241058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B8,C33
`Chr3:6241070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C26
`Chr3:6241072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B69,D11
`Chr3:6241103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,C74
`Chr3:6241120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B69,D11
`Chr3:6241131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,C3
`Chr3:6241296`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr3:6241300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B96,C20
`Chr3:6241316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B18,C85
`Chr3:6241434`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	C26,C29,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801944.1

201 aa

100

201

PAE

PF03283 PAE 27-201 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801944.1`	Pfam	`PF03283`	PAE	Family	27	201	3.7e-56	191.5	Pectinacetylesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945961.1
CTCAAACAACTCTTTCTATCTCTCTCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCGACTCTCTCTCTGAGCTATTGTGATGGCGACGATGTGGATGATTGTGTGTGCGACAATTTTGGTGATCGTCGGAGGCGCCATGGGGGTGCAGCCGGCATGCGACAAGGTCCCCTTCACCCCACTGCCCGACGCTGTTCAAAAAGGAACAGTCTGCATTGATGGCTCACCAGACGGATACTATCTGGTGCCGGGCTCAGGAGACGGAGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017234
ATGGCGACGATGTGGATGATTGTGTGTGCGACAATTTTGGTGATCGTCGGAGGCGCCATGGGGGTGCAGCCGGCATGCGACAAGGTCCCCTTCACCCCACTGCCCGACGCTGTTCAAAAAGGAACAGTCTGCATTGATGGCTCACCAGACGGATACTATCTGGTGCCGGGCTCAGGAGACGGAGCCCGAAATTGGCTCATATATATCAATGGAGGCGGGTGGTGCGAAAGCATTCCCGCCTGTCGAGGCAATTTTCAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801944.1
MATMWMIVCATILVIVGGAMGVQPACDKVPFTPLPDAVQKGTVCIDGSPDGYYLVPGSGDGARNWLIYINGGGWCESIPACRGNFQKYYGNSRISWSNIPNSNGTLSKSEDFTGILSENEAINPDFYNWNRIYVTYCDQASFLGDTVVDDGQGPIVQFRGSRNFDALVDELLAKGIGAGENVILSGRSAGGLATILHCDGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器