Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000586

染色体: Chr03 坐标: 6524256-6527552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000586
名称SmilChr03G000586
描述uncharacterized SmilChr03G000586
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6524256 - 6527552 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017241
GeneID131017241
locus_tag-
NCBI NameLOC131017241
原始查询LOC131017241

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]; symbol=AT2G28780; hit=AT2G28780; species=arabidopsis; confidence=high
产物P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]; symbol=AT2G28780; hit=AT2G28780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G28780 (AT2G28780)
P-hydroxybenzoic acid efflux pump subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817427]
identity=47.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0100300
-
identity=33.7; qcov=0.878; evalue=6.22e-88; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF13515 (FUSC_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801968.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057801968.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057801968.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057801968.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6524427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C45
Chr3:6524496 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B99
Chr3:6524496 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B99
Chr3:6524536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:6524615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C10,C74
Chr3:6524616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:6524625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr3:6524635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B111,B7,C33
Chr3:6524640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr3:6524643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C15,D4
Chr3:6524665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr3:6524670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801968.1
801 aa
N
1
400
801
FUSC_2
C
PF13515 FUSC_2 412-539 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801968.1 Pfam PF13515 FUSC_2 Family 412 539 2.1e-14 54.4 Fusaric acid resistance protein-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945985.1
CTCTTCTCCTCATTCAATAAACCTCCACACCACTCCACTTTGCAGTTCCTCAACAATGGCCCCACAATACCAACACGACCGCGCCAGAGACATATGGCGGCGCTGCCTCGCCTCCGCCTTCCGCACGGCGCTGGCGTGCACCATCGTGGGCGTCGCCACCCTCTACGGCCCGGCCTACATCAACAAGCAGGTGGCCTTCCCGGCCTTCTCCTACGTGACGGTGATCCTCGTCGTCACCGACGCCACGCTGGGCGACGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017241
ATGGCCCCACAATACCAACACGACCGCGCCAGAGACATATGGCGGCGCTGCCTCGCCTCCGCCTTCCGCACGGCGCTGGCGTGCACCATCGTGGGCGTCGCCACCCTCTACGGCCCGGCCTACATCAACAAGCAGGTGGCCTTCCCGGCCTTCTCCTACGTGACGGTGATCCTCGTCGTCACCGACGCCACGCTGGGCGACGCCCTGCGCGGCTGCTGGCTGGCGCTCTACGCCACCGCGCTCGGGGTCTTCCCGGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801968.1
MAPQYQHDRARDIWRRCLASAFRTALACTIVGVATLYGPAYINKQVAFPAFSYVTVILVVTDATLGDALRGCWLALYATALGVFPGIVSLWLIGPGRLTTTTTSAAVAASAFFVALPEGTHLIAKRIALGQIVLLYVVAFINGGHTQPVMHPLHIATSTALGVGACVVALLLPFPSLAYRQVRGNSKLYIDNASERLKLFIKAFSAEDKASPKALISQAKSLNKPANKLLHCIRSKQESMQWEREPIKFLKAYKKKPAQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器