Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000605`

染色体: Chr03 坐标: 6689380-6691460 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000605`
名称	SmilChr03G000605
描述	uncharacterized SmilChr03G000605
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	6689380 - 6691460 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017252`
GeneID	`131017252`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017252`
原始查询	`LOC131017252`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SIP6; symbol=SIP6; hit=Os03g0288600; species=rice; confidence=weak
产物	SIP6; symbol=SIP6; hit=Os03g0288600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G50840` (AT5G50840) alpha-taxilin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835156] identity=63.8; qcov=0.231; evalue=1.94e-19; confidence=weak
Rice	`Os03g0288600` (SIP6) - identity=60.5; qcov=0.199; evalue=5.13e-24; confidence=weak
GO	GO:0019905 (syntaxin binding)
KEGG	-
Pfam	PF09728 (Taxilin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017252

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057801973.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057801973.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057801973.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801973.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801973.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:6689551`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	A23
`Chr3:6689551`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	A23
`Chr3:6689559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr3:6689561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B113,B49,B71,B78
`Chr3:6689562`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr3:6689563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,B88
`Chr3:6689569`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:6689590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C77
`Chr3:6689605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C23,C87
`Chr3:6689661`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A2
`Chr3:6689661`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A2
`Chr3:6689668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B12,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801973.1

407 aa

204

407

Taxilin

PF09728 Taxilin 317-395 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801973.1`	Pfam	`PF09728`	Taxilin	Coiled-coil	317	395	4.8e-18	66.1	Myosin-like coiled-coil protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945990.1
GTTATGTATCTACGAATATAGAGGCCATTTTTATCTTTGGAACCCCACAACCAAACAGTGTCTTTTCTTTCCTACCGACGAAGTCTCTGCATTTGATGAGACGAGGACCTCGTTGGTTGGTGCTTGTGTCTGCTATGATTCTAAATCTGGTGATTACAAAATCCTAAGAGTTCGTGAAGGTGATTTTCCACCGGGATCCTTTTCTAGAATGACCCAAACTATTGAGTTGTATTCGTTCCAAGAGGATTCCTGGAACCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017252
ATGACCCAAACTATTGAGTTGTATTCGTTCCAAGAGGATTCCTGGAACCAAATTTCTCCTAAGAAGCCCTTTGATAATCTTGAAGAAACATATATGTATGGTTCTATGGCTATATCTGTTAGAGGTAAATTTTATTGGTTTAATTTGCTTGACAGAATTGTATCGTTGGATTGTAGTGAGAAAACCTTATCTTACATTGATTTACCACCAGAGTGTCATCCCTCGATTCCCATTGAATGGGGTGAGCTTGTCCAGTTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801973.1
MTQTIELYSFQEDSWNQISPKKPFDNLEETYMYGSMAISVRGKFYWFNLLDRIVSLDCSEKTLSYIDLPPECHPSIPIEWGELVQFNGGDSLGYVRIRNRHPKVGIDFDLWEWSEELKWVVKFSVSLGGAMGTVPATICGTFLFLYGRSGKLGDNEHRLVAYEWTKGDCKELGIDTNGVKIHIVCYVEGTVVLPHGKLGKAINGSSFLINPPLVKLPNLFIRHCGCKGNKGPGCECCQPYSDAYKFSVEDVAANGFRVLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器