当前解析结果
SmilChr03G000609| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000609 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000609 |
| 描述 | protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 6729584 - 6730950 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131017257 |
|---|---|
| GeneID | 131017257 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017257 |
| 原始查询 | LOC131017257 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 5-like |
| 产物 | protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 5-like |
| Arabidopsis | AT1G48590 (AT1G48590)Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841280] identity=64.6; qcov=0.976; evalue=2.82e-77; confidence=high |
| Rice | Os02g0327000 (OsGAP1)- identity=61.2; qcov=1; evalue=2.47e-73; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017257 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057801976.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057801976.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057801976.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801976.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801976.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:6730569 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 138 | A11,A2,A21,A24,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B15,B16,B19,B20,B23,B25,B27,B28,B3,B32,B33,B35,B37,B4,B47,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B64,B66,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B8,B82,B88,B9,B90,B95,B96,B97,B99,C1,C11,C13,C15,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C26,C28,C31,C32,C33,C34,C36,C38,C4,C41,C42,C44,C45,C49,C5,C52,C54,C55,C56,C57,C60,C63,C68,C69,C7,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C79,C8,C81,C82,C87,D4,D7,D8,D9 |
Chr3:6730742 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B82,C31,C34,C63,C67 |
Chr3:6730760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B90,B92,C75,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801976.1PF00168
C2 6-94 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801976.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 6 | 94 | 5.1e-26 | 91.6 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。