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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000609

染色体: Chr03 坐标: 6729584-6730950 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000609
名称SmilChr03G000609
描述protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 5-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向6729584 - 6730950 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131017257
GeneID131017257
locus_tag-
NCBI NameLOC131017257
原始查询LOC131017257

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 5-like
产物protein C2-DOMAIN ABA-RELATED 5-like
ArabidopsisAT1G48590 (AT1G48590)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841280]
identity=64.6; qcov=0.976; evalue=2.82e-77; confidence=high
RiceOs02g0327000 (OsGAP1)
-
identity=61.2; qcov=1; evalue=2.47e-73; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131017257

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057801976.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057801976.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057801976.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801976.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:6730569 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 138 A11,A2,A21,A24,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B15,B16,B19,B20,B23,B25,B27,B28,B3,B32,B33,B35,B37,B4,B47,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B64,B66,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B77,B78,B79,B8,B82,B88,B9,B90,B95,B96,B97,B99,C1,C11,C13,C15,C18,C19,C21,C22,C23,C24,C26,C28,C31,C32,C33,C34,C36,C38,C4,C41,C42,C44,C45,C49,C5,C52,C54,C55,C56,C57,C60,C63,C68,C69,C7,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C79,C8,C81,C82,C87,D4,D7,D8,D9
Chr3:6730742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B82,C31,C34,C63,C67
Chr3:6730760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B90,B92,C75,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801976.1
165 aa
N
1
82
165
C2
C
PF00168 C2 6-94 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801976.1 Pfam PF00168 C2 Domain 6 94 5.1e-26 91.6 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945993.1
AGTAACAATGTGGCTTCACCATTCTTAATTCTTATTCTTATAAACCCCCCCCCCCCCTCTCCCACTCTCTGTTAAACCCAAGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTCGAATCGGCTGATTGTTGGATATTAATTTGAGTTATCGAGACAGAAAATAATTAATTCCAATTGATATCAATGGATAGCATATTTGGTTTGCTAAGGATTAAAGTTGTGAGAGGCTTCAAACTGGCTAAAAGAGATGCCAGAAGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131017257
ATGGATAGCATATTTGGTTTGCTAAGGATTAAAGTTGTGAGAGGCTTCAAACTGGCTAAAAGAGATGCCAGAAGCAGCGATCCTTATGTGATTGTTCGGATGGACAAGCAGAAACTAAAGACTCGCGTGGTGAAGAAGAATCTGAACCCCGAATGGAACGAAGAGCTCACTCTGACCATCGCCGATCCAAACCAGCCCATCAAGCTGCAAGTTTACGACAGAGACACGTTCACTCCGGACGACAAAATGGGGGATGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801976.1
MDSIFGLLRIKVVRGFKLAKRDARSSDPYVIVRMDKQKLKTRVVKKNLNPEWNEELTLTIADPNQPIKLQVYDRDTFTPDDKMGDAEFDIKELVRVLKMQLENVPSGTLITKVVPNRDNCLSEASSILWENGKVTQDMVLRLRNVECGEVELHLHWINVPGSRSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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